NCBI C++ ToolKit
sm_identity.c
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1 /* $Id: sm_identity.c 66158 2015-02-06 15:18:12Z boratyng $
2 * ===========================================================================
3 *
4 * PUBLIC DOMAIN NOTICE
5 * National Center for Biotechnology Information
6 *
7 * This software/database is a "United States Government Work" under the
8 * terms of the United States Copyright Act. It was written as part of
9 * the author's official duties as a United States Government employee and
10 * thus cannot be copyrighted. This software/database is freely available
11 * to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
12 * Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
13 *
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15 * and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
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17 * may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
18 * Government disclaim all warranties, express or implied, including
19 * warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
20 * purpose.
21 *
22 * Please cite the author in any work or product based on this material.
23 *
24 * ===========================================================================
25 *
26 * Author: Greg Boratyn
27 *
28 * File Description:
29 * Protein alignment score matrices; shared between the two toolkits.
30 *
31 * ===========================================================================
32 */
33 
35 
36 /** Entries for the IDENTITY matrix. */
37 
38 static const TNCBIScore s_IdentityPSM[25 * 25] = {
39  /* A, R, N, D, C, Q, E, G, H, I, L, K, M,
40  F, P, S, T, W, Y, V, B, J, Z, X, * */
41  /*A*/ 9, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
42  -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
43  /*R*/ -5, 9, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
44  -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
45  /*N*/ -5, -5, 9, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
46  -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
47  /*D*/ -5, -5, -5, 9, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
48  -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
49  /*C*/ -5, -5, -5, -5, 9, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
50  -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
51  /*Q*/ -5, -5, -5, -5, -5, 9, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
52  -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
53  /*E*/ -5, -5, -5, -5, -5, -5, 9, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
54  -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
55  /*G*/ -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, 9, -5, -5, -5, -5, -5,
56  -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
57  /*H*/ -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, 9, -5, -5, -5, -5,
58  -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
59  /*I*/ -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, 9, -5, -5, -5,
60  -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
61  /*L*/ -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, 9, -5, -5,
62  -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
63  /*K*/ -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, 9, -5,
64  -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
65  /*M*/ -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, 9,
66  -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
67  /*F*/ -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
68  9, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
69  /*P*/ -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
70  -5, 9, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
71  /*S*/ -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
72  -5, -5, 9, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
73  /*T*/ -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
74  -5, -5, -5, 9, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
75  /*W*/ -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
76  -5, -5, -5, -5, 9, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
77  /*Y*/ -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
78  -5, -5, -5, -5, -5, 9, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
79  /*V*/ -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
80  -5, -5, -5, -5, -5, -5, 9, -5, -5, -5, -5, -5,
81  /*B*/ -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
82  -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, 9, -5, -5, -5, -5,
83  /*J*/ -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
84  -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, 9, -5, -5, -5,
85  /*Z*/ -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
86  -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, 9, -5, -5,
87  /*X*/ -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
88  -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
89  /***/ -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5,
90  -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, 9
91 };
93  "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBJZX*",
95  -5
96 };
97 
int TNCBIScore
data types
Definition: raw_scoremat.h:45
static const TNCBIScore s_IdentityPSM[25 *25]
Entries for the IDENTITY matrix.
Definition: sm_identity.c:38
const SNCBIPackedScoreMatrix NCBISM_Identity
Definition: sm_identity.c:92
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