Link to NCBI Front Page Taxonomy Logo
Entrez PubMed Nucleotide Protein Genome Structure PMC Taxonomy BioCollections
   
Taxonomy browser (Porphyromonas gingivalis)

Porphyromonas gingivalis

Taxonomy ID: 837 (for references in articles please use NCBI:txid837)
current name
Porphyromonas gingivalis (Coykendall et al. 1980) Shah and Collins 1988 emend. Hahnke et al. 2016
basionym:
Bacteroides gingivalis Coykendall et al. 1980
type strain of Bacteroides gingivalis: ATCC:33277, CCUG:25893, CCUG:25928, CIP:103683, DSM:20709, JCM:12257, NCTC:11834, personal::2561
NCBI BLAST name: CFB group bacteria
Rank: species
Genetic code: Translation table 11 (Bacterial, Archaeal and Plant Plastid)
Lineage( full )
cellular organisms; Bacteria; FCB group; Bacteroidota/Chlorobiota group; Bacteroidota; Bacteroidia; Bacteroidales; Porphyromonadaceae; Porphyromonas
   Entrez records   
Database name Subtree links Direct links Links from type
Nucleotide 21,620 15,959 55
Protein 202,648 159,825 -
Structure 157 69 -
Genome 1 1 -
Popset 15 15 -
Conserved Domains 4 3 -
GEO Datasets 593 432 -
PubMed Central 14,860 14,860 -
Gene 9,081 1 -
SRA Experiments 645 495 -
Protein Clusters 1,779 1,779 -
Identical Protein Groups 67,316 60,225 -
BioProject 150 97 -
BioSample 783 629 70
Assembly 112 92 3
PubChem BioAssay 187 155 -
Taxonomy 21 1 -

Comments and References:

Coykendall AL et al. (1980)
Coykendall, A.L., Kaczmarek, F.S., and Slots, J. "Genetic heterogeneity in Bacteroides asaccharolyticus (Holdeman and Moore 1970) Finegold and Barnes 1977 (Approved Lists, 1980) and proposal of Bacteroides gingivalis sp. nov. and Bacteroides macacae (Slots and Genco) comb. nov." Int. J. Syst. Bacteriol. (1980) 30:559-564. [No PubMed record available.]
Hahnke RL et al. (2016)
Hahnke, R.L., Meier-Kolthoff, J.P., García-López, M., Mukherjee, S., Huntemann, M., Ivanova, N.N., Woyke, T., Kyrpides, N.C., Klenk, H.-P., and Göker, M. "Genome-based taxonomic classification of Bacteroidetes." Front. Microbiol. (2016) 7:2003.
List of Changes in Taxonomic Opinion No. 26 (2017)
"Notification of changes in taxonomic opinion previously published outside the IJSEM." Int. J. Syst. Evol. Microbiol. (2017) 67(7):2081-2086.
Shah HN & Collins MD (1988)
Shah H.N., and Collins M.D. "Proposal for reclassification of Bacteroides asaccharolyticus, Bacteroides gingivalis, and Bacteroides endodontalis in a new genus, Porphyromonas." Int. J. Syst. Bacteriol., (1988) 38:128-131. [No PubMed record available.]

External Information Resources (NCBI LinkOut)

LinkOut Subject LinkOut Provider
Porphyromonas gingivalis meta-databases BacDive
Porphyromonas gingivalis (Coykendall et al. 1980) Shah and Collins 1988 taxonomy/phylogenetic Encyclopedia of life
15 records from this provider organism-specific Genomes On Line Database
Show Biotic Interactions taxonomy/phylogenetic Global Biotic Interactions
Porphyromonas gingivalis culture/stock collections Global Catalogue of Microorganisms
Related Immune Epitope Information gene/protein/disease-specific Immune Epitope Database and Analysis Resource
42 records from this provider organism-specific Integrated Microbial Genomes
OMA taxonomy/phylogenetic OMA Browser: Orthologous MAtrix
Notes:
Groups interested in participating in the LinkOut program should visit the LinkOut home page.
A list of our current non-bibliographic LinkOut providers can be found here.

Information from sequence entries

Organism modifiers

To hide organism modifiers click here
strain
01/16 [1 1] 02/16 [1 1] 1-PGI [1 1] 1021 [1 1]
1112 [1 1] 11A [1 180 1781 1] 13_1 [1 138 1804 1] 14018 [1 1]
14019 [1 1] 14020 [1 1] 14021 [1 1] 1436 [1 113 1]
1438 [1 1] 1439 [1 90 1] 1440 [1 1] 1442 [1 1]
15_9 [1 138 1719 1] 19m-1 [1 1] 1A1 [1 1] 1B12 [1 1]
1B7 [1 1] 1C1 [1 1] 1C11 [1 1] 1D10 [1 1]
1D12 [1 1] 1D2 [1 1] 1E2 [1 1] 1E7 [1 1]
1E8 [1 1] 1F2 [1 1] 1F7 [1 1] 1F9 [1 1]
1G1 [1 1] 1H10 [1 1] 1H2 [1 1] 2-PGI [1 1]
20655 [1 1 1] 20658 [1 1 1] 222 [1 93 1] 244 [1 1]
25-PGI [1 1] 26-PGI [1 1] 27 [3 2 1 1] 27-PGI [1 1]
28-PGI [1 1] 29-PGI [1 1] 3-PGI [1 1] 30-PGI [1 1]
33277 [1 3 12 10] 381 [4 13 13 1 284 4038 19] 381 = HG91 [1 13] 381FL [1]
381OKJP [1 1 256 2015 1] 3A1 [1 114 1846 1] 3_3 [2 1 1 146 1779 1] 40-PGI [1 1]
409 [1 1] 42-PGI [1 1] 47A-1 [2 2] 53977 [20 18]
6/26 [2 3] 7680 [1 1] 7692 [1 1] 7BTORR [1 146 1754 1]
84_3 [1 102 1820 1] A011/9 [1 4] A7436 [1 1 11 3976] A7436-C [1 2 1963]
A7A1-28 [1 2 53 3570 1] A7A1_28 [1 2 53 3570 1] AA1 CANINE [1] AA2 CANINE [1]
AFR5B1 [1 178 1777 1] AKASH1 [2] ANA230 [1] AS2 [1]
ATCC 33277 strain ATCC 33277 [3 66 31 2173 42 4 4154 59 10] of Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 ATCC 49417 [4 166 2 4012] ATCC 53977 [1 2 1 5 1] ATCC33277 strain ATCC 33277 [3 66 31 2173 42 4 4154 59 10] of Porphyromonas gingivalis ATCC 33277
ATCC49417 strain ATCC 49417 [4 166 2 4012] AUO-0301 [1 1] Ando [1 228 1795 1] B091 [1]
B1 [6 1 1] B128 [1] B129 [1 1] B151 [1]
B158 [1 88 1] B161 [1] B42 [1 92 1] BH18/10 [2 2]
Bg4 [1 13] CCUG 25226 [1 1] CCUG 25893 [1 1] CCUG 27724 [1 1]
CP1 [1 1 1] CP10 [1 1 1] CP11 [1 1 1] CP12 [1 1 1]
CP13 [1 1 1] CP14 [1 1 1] CP15 [1 1 1] CP16 [1 1 1]
CP17 [1 1 1] CP18 [1 1 1] CP19 [1 1 1] CP2 [1 1 1]
CP20 [1 1 1] CP21 [1 1 1] CP22 [1 1 1] CP23 [1 1 1]
CP24 [1] CP27 [1] CP3 [1 239 1 1929] CP33 [1]
CP38 [1] CP4 [2 1 1] CP40 [1] CP41 [1]
CP44 [1] CP5 [1 1 1] CP51 [1] CP52 [1]
CP6 [1 1 1] CP7 [1 1 1] CP8 [1 1 1] CP9 [1 1 1]
CRT-3 [1 1] CTRL1 [1 1 1] CTRL2 [1 1 1] CTRL3 [1 1 1]
CTRL4 [1 1 1] CTRL5 [1 1 1] CTRL6 [1 1 1] CTRL7 [1 1 1]
CTRL8 [1 1 1] Co5 [1 9 7 1] D12 [1 10 7 1] D13B11 [1 1]
D14 [1 10 7 1] D15 [1 10 7 1] D16 [1 10 7 1] D165 [9 9]
D17 [1 10 7 1] D18 [1 10 7 1] D19 [1 10 7 1] D22 [1 10 7 1]
D23 [1 10 7 1] D26 [1 9 7 1] D28 [1 8 7 1] D29 [1 8 7 1]
D3 [1 11 7 1] D32 [1 10 7 1] D33 [1 10 7 1] D34 [1 10 7 1]
D39 [1 10 7 1] D4 [1 11 7 1] D40 [1 10 7 1] D41 [1 10 7 1]
D43B4 [1 1] D45 [1 7 7 1] D5 [1 11 7 1] D55D13 [1 1]
D67D9 [1 1] D8 [1 10 7 1] D83T3 [1 137 1] D84B24 [1 1]
D9 [1 10 7 1] D96A2 [1 1] DS2 [1] DSM 20709 [1 2 8]
E5 [1] EM3 [1 118 1] ESO10 [1 1] ESO101 [1 11 8 1]
ESO127 [1 1] ESO132 [1 11 8 1] ESO159 [1 1] ESO164 [1 1]
ESO187 [1 1] ESO192 [1 1] ESO24 [1 1] ESO27 [1 1]
ESO51 [1 1] ESO7 [1 1] ESO75 [1 1] ESO9 [1 1]
Eli [1 1] Eli33 [10 10] Eli47 [10 10] Eli55 [9 9]
Eli60 [10 10] Eli80 [10 10] Eli85 [9 9] Eli88 [10 10]
Eli90 [10 10] En444 [1 1] En7 [1 1] F1 [1 1]
F2 [1 1] FDC 381 [5 5] FDC381 [4 3] FK2 [1 9 7 1]
Fr048 [10 10] Fr14 [11 11] Fr19 [10 10] Fr22 [10 10]
Fr7 [10 10] GAI7802 [1 1] GDR11 [9 9] GDR17 [10 10]
GDR8 [11 11] GMU202011 [1 1 2] H184 [1 1 1] H185 [1 1]
H27 [1 1] H3 [1 332 1996] HB7 [1] HG1025 [1 10 7 1]
HG1691 [1 2] HG1691old [1 2 2171] HG1703 [1 3] HG184 [1 10 7 1]
HG405 [2 2] HG564 [1 10 10 1] HG66 [1 1 3 1963] HG934 [1 1]
HNA-99 [1 2] HNA99 [10 8] HU17 [1 1] HW24D1 [1 12 11 1]
I2 [1 1] I5 [9 7] IR-TUMS/BPG5 [1] ISF.SR1 [1]
ISF.SR2 [1] JCM 12257 [7 5] JCM 19600 [1] JCM 8525 [6 5]
JKG1 [1 1] JKG10 [1 115 1] JKG3 [1 1] JKG4 [1 1]
JKG6 [1 1] JKG9 [1 100 1] JS1 [1 1] JS2 [1 1]
JS3 [1 1] KCOM 2796 [1 1 2 2016] KCOM 2797 [1 1 90 1988] KCOM 2798 [1 1 2 1986]
KCOM 2799 [1 1 2 2055] KCOM 2800 [1 1 2 1828] KCOM 2801 [1 1 2 2067] KCOM 2802 [1 1 2 1952]
KCOM 2803 [1 1 2 1949] KCOM 2804 [1 1 2 2061] KCOM 2805 [1 1 2 2077] KCOM 3001 [1 1 2 1906]
KCOM 3001 (=ChDC KB54) [1] KCOM 3131 [1 1 2 1922] KCOM 3131 (=JS238) [1] KCOM 3153 (=JS260) [1]
KCOM 3188 [1] KCOM 3190 (=JS297) [1] KS14 [1 9 7 1] KUMC-H1 [1 1 1]
KUMC-P1 [2 1 2] KUMC-P10 [1 1 1] KUMC-P2 [1 1 1] KUMC-P3 [1 1 1]
KUMC-P4 [2 1 2] KUMC-P5 [1 1 1] KUMC-P6 [1 1 1] KUMC-P7 [1 1 1]
KUMC-P8 [2 1 2] Kyudai-3 [1 120 3] Kyudai-4 [1 110 1] Kyudai_3 [1 120 3]
L1 [1 9 7 1] LyEC01 [1 1 3 2] LyEC02 [1 1 2 1956] LyG-1 [1 1 3 1940 4]
LyG-2 [1 3 1942 2] MDS-140 [1 1 1] MDS-16 [1 1 1] MDS-45 [1 1 1]
MDS-56 [1 1 1] MDS-85 [1 1 1] MP4-504 [1 1 186 1891] MPW1b-01 [1 1]
NBRC 115148 [1] NBRC 115149 [1] NBRC 115150 [1] NBRC 115151 [1]
NCTC 11834; ATCC 33277 [1 4] NCTC11834 [1 1 1] OMI1046 [1 1] OMI1049 [1 1]
OMI1060 [1 1] OMI1067 [1 1] OMI1071 [1 1] OMI1072 [1 1]
OMI1074 [1 1] OMI1076 [1 1] OMI1077 [1 1] OMI1079 [1 1]
OMI1080 [1 1] OMI1081 [1 1] OMI1088 [1 1] OMI1090 [1 1]
OMI1094 [1 1] OMI1101 [1 1] OMI1104 [1 1] OMI1105 [1 1]
OMI1110 [1 1] OMI1123 [1 1] OMI1127 [1 1] OMI1128 [1 1]
OMI1132 [1 1] OMI1151 [1 1] OMI619 [1 1] OMI621 [1 1]
OMI622 [1 1] OMI629 [1 1] OMI731 [1 1] OMI743 [1 1]
OMI778 [1 1] OMI883 [1 1] OMI887 [1 1] OMI889 [1 1]
OMZ314 [1 13 22 1] OMZ409 [2 2] OS30-2 [1 8 7 1] OS54-1 [1 9 7 1]
OS58-3 [7 7] OS61 [1 9 7 1] OUD161 [1 1] OUD63 [1 1]
P. gingivalis 381 [1 1] P.gingivalis2381 [1] P.gingivalis6049 [1] PC13 [1 9 7 1]
PC9 [1 9 7 1] PG001 [1] POY_9-14K-1 [1 1] POY_AJW5 [1 1]
PP118/10 [10 10] QM220 [1 3] RMA 10371 [1 1] RMA 3725 [1 1]
RMA 4165 [1 1] SAW3A [1 1] SJD2 [1 1 378 2029] SJD5 [1 1 392 1984]
SU60 [1 108 1749 1] SU63 [2 2] SUNY 1021 [3 3] SUNY1021 [1]
Shirai [1 1] TDC 60 [1 2 1759] TDC117 [1 9 9 1] TDC120 [1 1]
TDC129 [1 10 7 1] TDC222 [1 10 8 1] TDC225 [1 10 7 1] TDC243 [1 11 8 1]
TDC260 [1 9 7 1] TDC263 [9 7] TDC27 [1 1] TDC275 [1 11 9 1]
TDC280 [1 9 7 1] TDC285 [1 1] TDC59 [1 11 8 1] TDC60 strain TDC60 [1 1 14 2229] of Porphyromonas gingivalis TDC60
TDCH [9 7] TV14 [1 116 1] US4 [1 10 7 1] UTM FZZ12 [1]
UTM FZZ16 [1] UTM FZZ22 [1] UTM FZZ28 [1] UTM FZZ33 [1]
UTM FZZ38 [1] W 83 [1 1] W12 [1 2] W50 [4 53 15 281 2 7810 29]
W50/BE1 [1 2 1909] W50/BR1 [1 2 1908] W83 [9 91 120 2 50 6261 97 19] W83variant [1 1]
WW2096 [1 234 1982] WW2842 [1 192 1897] WW2866 [1 248 2000] WW2881 [1 970 2191]
WW2885 [1 394 2028] WW2903 [1 232 1988] WW2931 [1 208 1957] WW2952 [1 326 1996]
WW3039 [1 266 2019] WW3040 [1 246 1862] WW3102 [1 300 1977] WW5019 [1 300 1979]
WW5127 [1 240 2017] cerco 1.5.2 [1] ep002 [1 1] ep005 [1 1]
ep007 [1 1] ep011 [1 1] ep021 [1 1] ep023 [1 1]
ep026 [1 1] ep050 [1 1] ep064 [1 1] ep121 [1 1]
ep123 [1 1] ep130 [1 1] grey [1 2 2049] grey_1 [1 121]
p. gingivalis oral taxon H7 [1] p. gingivalisoral taxon H10 [1] p. gingivalisoral taxon H11 [1] p. gingivalisoral taxon H12 [1]
p. gingivalisoral taxon H13 [1] p. gingivalisoral taxon H9 [1] yellow [1 2 2048] yellow_1 [1 106]
serotype
K- [1 13] K4 [1 3]
isolate
#2980 [1 1] 11A [1 180 1781 1] 13_1 [1 138 1804 1] 14H [1]
15_9 [1 138 1719 1] 2 [1 1] 25 [1 1 1] 3A1 [1 114 1846 1]
3_3 [1 146 1779 1] 49417 [1 156 1896 1] 7BTORR [1 146 1754 1] 84_3 [1 102 1820 1]
8H [1] 8O [1] A7A1_28 [1 46 1725 1] AFR5B1 [1 178 1777 1]
ATCC 33277 strain ATCC 33277 [3 66 31 2173 42 4 4154 59 10] of Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 ATCC 49417 strain ATCC 49417 [4 166 2 4012] DSM 20709 [1] ERR9530650_bin.7_metaWRAP_v1.3_MAG [237]
IQ-No.1 [1 1] IQ-No.2 [1 1] O28 [1] Otu1094 [1]
Otu2 [1] Otu643 [1] Otu708 [1] Otu924 [1]
SRR8786260_bin.11_metaWRAP_v1.3_MAG [170] SRR9217400-mag-bin.3 [74] UBA8864 [1 1 1] W50 (ATCC 53978) [1 1]
YH522 [1 108 1749 1] patient 53977 [1 1] patient Eli47 [1 1] patient Eli55 [1 1]
patient Eli85 [1 1] patient Eli88 [1 1] patient GDR8 [1 1] patient d165 [1 1]
nat-host
Homo sapiens [337]
culture-collection
ATCC:33277 [9 8 1 1797 8] ATCC:49417 [2 6 1 1] ATCC:53977 [1 1 1] CCUG:25226 [1 1]
CCUG:25893 [1 1] CCUG:27724 [1 1] DSM:20709 [2 8] DSM:28984 [2 1958]
JCM:12257 [5 4] JCM:19600 [1 3 1759 1] JCM:8525 [4 4] KCOM:2797 [1 90 1988]
NBRC:115148 [1] NBRC:115149 [1] NBRC:115150 [1] NBRC:115151 [1]


Disclaimer: The NCBI taxonomy database is not an authoritative source for nomenclature or classification - please consult the relevant scientific literature for the most reliable information.

Reference: How to cite this resource - Schoch CL, et al. NCBI Taxonomy: a comprehensive update on curation, resources and tools. Database (Oxford). 2020: baaa062. PubMed: 32761142 PMC: PMC7408187.


Comments and questions to info@ncbi.nlm.nih.gov

[Help] [Search] [NLM NIH] [Disclaimer]