| Submitter | | Handle | DEVINE_LAB | | Submitter SNP ID | INDEL_GP35_WGS_661040 | | RefSNP(rs#) | clustering in process | | Submitted Batch ID | EMORY_INDEL_GP35_WGS | | Submitted Date | Jan 24, 2006 | | Publication Cited | [1] An initial map of insertion and deletion (INDEL) variation in the human genome | | First entry to dbSNP | Jan 24 2006 12:00:00:000AM |
| | Resource Links | | GenBank Accession | NT_016354
| | Submitted Gene Name | N.D | | Submitted Gene ID | N.D. | | Submitted SNP Synonyms | N.D | | Submitted linkout | N.D |
| | Assay | | Species | Homo sapiens | Molecular
Type | Genomic | | Method | METHOD_WGS | | Ascertainment Samplesize | 2 | | Population | N.D. |
| | Allele | | Observed Allele | (LARGEDELETION)/- | | Ancestral Allele | N.D. | | Allele Origin | N/A | | SNP Class | Named | | CpG Code | N.D. |
| | | Variation | | Frequency Submission | N.D. | | Genotype Summary | N.D. | | Genotype Submission | N.D. | | Haplotype | N.D. |
|
| Comment | | largedeletion=ttttcctagaagaagatgttaaaataagtgtttgaatgcaattaattggtttgaatttcaaatgtcattgttggagatgtggaaaaatgatagggaagaaaaggcagtcataaaggatgcattacaatcggctatcacagtggatacctggaacttagtcccattgagaaactctggaaaatggcataaagtcacacttcataatttcacttgagaggcacaggagctggtatatttatgtattatttcccaagatgattatttgaagactgctcatagagtggtgtgaattccataacccattcattcccagcactcacaatgcacagagagcagccttctgtgctgtcagaacaagtcctcagacacagaaacacagagattgatacttggaaattagccataatttactgaaccattccaagtatttgggcaaggctttgctatgaatactcctatctttaccttacattgctcagaaccccctcaggctctaaattaaattcatagtttatttaatgttattcatggtatatcccttaatgttatttatggaatatccctttttaagggatggtcaaaaattttttaaaacacaaacaaaaccaacaaattacaggatgatggagagtaggtcaagctttagctctgcttttttagtgggtcctgagtctggccacagctgatattctttatatccatcttttactgctcctatcagatttccctcaacttgtgtcagcagttcggctagtccagagtactttcccagtgtgacaaattatactttcatgcctgaagcttccaaacctttggttaccaattgctttgtcagattgtgtcttatgcaattgccatttaagattttgatttaatggaagcactgagataacccaaggaattgttttaactacagacatatttccttctaccctcattgcacagcaacaaccccaccttctcataaaaattatggtctgttatccctgccagtatactaactccttttttgtgtgctgttttaatgacataaggagctcaaaataagttgaatgacataaggagctcaaaattagttgaatgaataatttttttttggtagtatcttcaatatgttcttgggtaaaagtgtccctcccctcataacaaagacctagaagaggtccagaaggccaaaaattgctcaaaaaagcaaaaatattctcaattgcatcactgggtacaatggtgagaaaacactgaggcataggcattctatgtatcagaaatatattcagtccaaaggattctagggacattttattcattgttgcactacctttcctatattgattactgcttgttccaaagcactgttcaagataattaatcagtcaatgtgttaacctttgagtagaattgctggttaaggcactgcagaaagagaaggaaaacacatacccgttcccaagtcaaagcaaaaattaagccagataaagttaaacaggcaaagaagactttttaattcaagaagattgcaataaaggaagctgaactccactgtaaaaaagatgggagaacttttaaacactggaatgaactagcgaaaaaatattggaggactttgaggctggggttgatcaacggcatgtgtctagcacattgatttattcctgagtttctaaatatttttctctgtgattatgctatcggtttactaatcgttgcccattgaaaacaggctcctaccctcccatggagattagcagataggggttgcagctcctttgatgtttacatttcaaagaaattgttcccaggtccttgaaaaagacatttcttgggttatacaactggcaagggtcaggagatttacatacatttcaaagtgacaggaaaagaatacacaatggaaatgtttccgtagcaaatgctataagactaggcaagtcaggtgttcatagtcagaaagaaatccatctaaaatttagtcaagctaaggagaactttaaagagtatgtgaatatatgaatccagtataggtaaattatttactacttaagggtgaaaaggatccaatgtaatcaatatatcacacagtggctaggtgagcttttcaagggatggtagcaatacttagggctaaagtttattctctactgctaattggttagcattcaggcatggcaatatctattgcaggaagagggagcccatattgggcccaggaatatttaccagttctgcttggttctacagtaactaaggacagaccatttttgctgttttctgttcttttattcttttatcatttttggttcttggttttattatgtctttttttttttttgagacagagtctcactctgtcacctaggctggagtgcaatggcgcgatctcggctcactgcaacctccgcctcccgggttcaagcgattctccctgcctcagcctctcaagtagctgggattacaggcgcccaccaccatgctcggctaatttttgtatttttagtagagacagggtttcaccatgttggccaggctggtctcaaactcctgatctcacttgatccacctgccttggcctcccaaagtgctgggattacaggcatgagccaccgtgccctgcatattatatggcatttttagcaatgctataattaataaatatggagtatgtctttgttgacttatccagatatatctgtagtattaatttctacttcagttcttgagccaaatatacatgtgatgataacattgcaggtaattttgatagagaatgcaaatttcactttaaaaaaattagattcctactttgtgggtgtatgaaaagatcaattaatttgattaagccaatttcaagaaagatcatgctataatggccatgctatttaggttcacctggactcctggtacaaagattttccacgttccaatccaagatatgaaacctcccccacccttggcattcttcaactcatgggatttgtgttaaagttagcaatggagtttgattaattaattaaatcctcacataattgaagcacatgcagatacataacaagttcactatccagaatgcttttagtaacattttttatgccagtataaactcaaaatatctcaaatgtccatcagcagttaaaaagacatacaaattttggtatattaataaacgaaacatgatacagccatgaaaatacatgaaccgaagtaaaacttcttgcaaaaatagaatggattacacaaacatgtaaagtgactgaagtcagacccaaatgaatacatactatataattcagtttacataaagtgtaaagtagccagaagtatagtattgtgttagaattcaagatagtgcttattttggggaaagggaggctagaatcggaagggaaataaaataaatttctgaaaggcaggcaatcccttgttcttgacctgtttgtgattacacaggcatttatgttaaaaacatggagcactgtatacactacatactttactgtatatgtattacggttaaaaataaaaaataaaaagaacacaaaattaaaatctcatagttgcacatgctaaccattatatcccaaaacatggttacaattttctcagcacttcataaatattgctttactaaatttttgttggtgttgttcatcaaaacgatcatattataatgtcttaagaatagaatcgagaggtgtggaaaacttttcctgatataaacaatgttcattaaatattctttctgatcattttatttcagaatggtaacttataatataaagtcatttatatcctaacaatatctatctactccatcaacacatacaaaattgtcagaatacctacatttaaatagtacatttcatcttatcttttctaatgttttgccaattatttattttattaactcaaaataaagagaatagaattaactattagtggggacacatcaaagttgtaaaattttatcatgtatttctagaatataatatatgttaccattttcatagcaaatttaaaatactttgaaatgacaaagggaaaattggacaacagaaaaatatgtaaaatggtaagttaattaaagcttattataatataagaatattcctggtaaattcccatcatgaaattaaaaactatattatcagttaaaattttttgcaaaaaataatgtaacatatttttatatttttactgaatttccattttatgtccatatcaatttagatattattatttttgagcagcttttcaagttttttgcccaattttctaatggattgtcattcttttatttattgatttatacaagtgccttatataatctgaaatcaggtcttttgttagagatatttattgtaactatttttctcctgtggtttacactcttttttcttaatgtttcttttgataaaaatgaataataatattgttgtttaagcttttagcttctatagctacgagagatattgactattaatatatttcaatattattttcaggttttagtgttaagaatatgttacattataaagtatgttaggaaagtatattgtaactctaggttttttgaataatttcatgtaagatcttggagatttccttcttaaatatatggaaaaattgactgttgaaaattaataaaatttaaggcagtggccccatttccacagctccactaagcaaagccctggtgagtactgtctacagtggttctgcctctgtggcaggcttctgcctgaggatatatcctccgaaacctaggtgaatgttaccaagcctccagcactcctgcattctgggcatctgcacactcaataccatgtggaagacagaggggcttacagcttatgccctccaaacgcttccaacctctccccattgcccagtttcaaagctgcttccacattttcaggtatctttacaccatccctcctttggtacagatttactgcattagtctgttttatgttgctataaagaaatatctgaggctgggtaatttataaagcaaaaaggttttatttggctgacacttctccagtatgtacaagaagcatggcatcagaattgctcctggtgagggtctcagattgcctccactcatggtagaaggaaaaggggaggcagtgtgtgcagagatcacatagtaaaagaggaagcaaaagagtaggagaggggtgatgctagcttatttttaacaacaagctctggaaggaactaatagaccaagaactcactcaactctcacactagaaaggttaatctagtcatgtgagatctgctcccgtgacacaaacactttccatgaggctccacctctaacactggggatcacatttgagagtgatcatcacattggggataaacatccaaacataatagaattcctttcaactcattttcattatagcttgtctctatttttttagtactgtgtctttcatattgagtataaataaggtattaatcgcaatataaaattcatcactcttctgtctttctgccttcatagtgttttagtttgccgagtcatcactgttaatgcttggatataatgttcagatgctggtttttgaagtatgtgtgtatatatatatatattttaaatataccaatagaccaagaatattttccatgcaaatgtccataaaggttacaagaaataatatttactctaagtcaaaaacaaatcacaattttgagtttgacagtgaaagattttattttcaaaatttatttaattgttcacgtgatattatttatttaatgtgaataagggtcaccttagctaaaggccgtatacttttggatacttttcctccccacattcagtattctgttttgtttaaatacaagcatatttattctttctttctttatttttttattttcttaagatagagtcttgatctgtagtccatgctggggtgcagtggtgtgatgttagctcaaagcagccttgaactcctagctcaagcaatactcttgcctcagcctccagagtagctgggactaccgggcatgtgcccctatgcctagtttttttttttttttttttttttttttgtagagacagggtctcactttacaaatatctttattcttaatgagcttttgctactttctgcatgttttaaaggctacatagctaagattattacacaataaattaggagaggattttaacatttcaaacaattccaaagaggaaaaaggaaggtggtgaatcctgtcttgtctttataaatgaaacgcgtccctaaaggagctaaattgggatcaaggaaccaagaaaaatcactcagtaaagataatctatcttattatctatatgaaagtttaaatgtattcttataggaaacattgactccatagaaaattggtatctttaaataaaatattatgaaatattttttataagaaactctacttcaatcttacctatatccatatttaggcagactgcctgagctcaggagtttgagatcagcctgggcaacacgccaaagcctcatctctactaaaaatacaaaaattatctaggcgtggtggcgcatgcctgtagtcccagctacttgggaggctgaggcacgagaattgtctgaaccctggaggcaggggttgcagtgagctgagatcctgccactgacctccagcctgggcaacagagccagactctgtttaaaaaataaataaataaataaataacatctcccctatccttttgaattttacatatgatttgcagtttattatatacctaatattttaccttctcattgattcctctataaacattgcctttggacaatcagaagaataaattactcccttttaaaacttcacatttggctggtaagatttttttttctccagtgttgtgtggttcatcatattaatattttgcattatttgtactttatatataaaagaaaccttgctcattctgaatttaagtgtttttaaacattctaatgacagtagaatttttttaatttttaaaatttttttaaatttcttaagtttcaggattatgtgagctactgtacttctttttaaacttcgcatttaatcttaacatttttgttgcttaatttgaaaaagaagttggtagattacattcatgatattaattttcaggtaaagtgataaaacactatagcaaaacttcaaccgaatattgtagatgttttttctttatatataacattattaaatagagtcgaaatcaccattattatacaaatgctatcacaaaatgatgctagtgatgtcagtgtagaagctgaaatgacaattcatatggcacaaatggtattgccagaggtgacatgattttccaaaatgttgaaccactctagattacatttcaaagaaagcaaaatacaatctccatataatttatccagtactttaatttgacgggcctgaaagctatgtaaaatttattttatatttctgtgtaaaatggaaggctatatttaaagtagacttcttattcaagtcatttgtctattacataactttatttttcttacaaactctgataataggttgtctattttcctattccttctttctctcccccaacacacattatctatttctaatcaacttctaatcattatttctctcccagttcacacacacacacacacacacacagagtcatgtacaaaacatactgtcatatacacacagtctgaatgtaaacttctgagatctatgtctatcttccccattgctctatcctctatacattgtaattattcaataaatatttgttaaagaaataaataatttttattttcatcattttatttgaaataaatgtactgttcctctaagtgaattacatataatcatttaaaacccaaagttattatgacaagattagaacaattcagccagaacactgcagtgatagtactagtagctgtcttccatggttattttatcgttaactaccaaaaaaccacagcatttaaatcagaagataaatatttttgtaatctgaatttctacactaaaagtcaaatgagctaactctaataattgtacactatgttattcacctacaaacttttaaaaatggatagctgttagtttctaagtaagaaacaataacataaaaagcattgaattcaaaatgagccaaggtaccctttagcagaaatgttgaattatagtttgtctaaggaatgctagtattgctcacgtttgcatatttagattaatagtacatttctacaaggtttgtgctgtaattggaacttaagtaacatttgtaaagtgttatctgtcggagcctgaagagacccaaagagaatgtatgtcattatgcaaaattactaattaagtacaagtaatttagcagataatttacatgttcattttataatagaaattatttagttttaaggtcctctttgtatttctaaagtaatctcgacctaagggatcacagcctgttaagaagaagtataaattatagaatgagacatatgtttaactgactcatagagcttttgttgtggctaatgatttttctaacagtaattgcataagggaaaacattttctttttaagtaaatagtgctcgttacctcttaaatctactgtcacttgacaacattaatgtggaaaaacttctaccttcttgattagctctccaaggatattcagcagctttaaattaatattgatgaaacagaaaccatcatatccatcagtgttcttacaaatgtggatgcacggaaaaaaataatatttcaatagattctggaaagagaaacaattagttttctgaaacatactgtaaattactgaaatatagtgtaaactataaatataaggaaattatattagaatggggtatttattgggtacctgttaataaatactagatctatatataaatcttaaatatttcagtaataaagtctgcatttgtatagtctaactgtgaccatattgtgttacaaattgttatcccataacacaactctggagagaaaagaaatcaacctgcctttccaagccagtcctttttaaaattcaaatcgtctgaaagttccatgaaggcagcaatactgtttatttaaacagctctggtccactaatgtaaaacagtgctgaggtacactctaatttaggtgacaattccctcaaattcttctccctgttttctttaggtttaatatgttgttggttttaaaataactttaaaaatgatattaattcaattttttttctaatttttattggtgcatatatttaatgctgtcaaatgttctctgattcttactttagctgtatcccataaatcctgataagccccattttaattttgagaaataatgtagttttatttgtttccagtttgatcccggggttgtttaacactgtccattttaataccatgtggaagaattttttgttttcaaatttgttacaaattattgttttattcaaaattcacagaatgctcttagtttttttttttttagtattaagatttcatttgtggtataaaatgatgaatttttatgaataactttgctgtacttaagacaagtatagtatcatctgggttaaggtttcaatatattaatataatatctaaattattgatgacagatgttcagtacttcaatatctttatgaaacttttgtccacttgattcaccttgattaaagaagaatgtgttgatttttatttttattaatttccttgtacagttctttttgcagctgcagttggtgtttaaagaaagtcactgctatattactattggcataaaaattaatggctgttacagcttcactgagaaatattgtttttaaatttatgaaatatttcatcattatataatctacttggcatcaattttgtacttttggatatcaagattttaactcctactttacttcaattgcatttgagtagtacatatcagtgcatccttctatttttatcactttttaat |
>gnl|dbSNP|ss50367643|allelePos=401|len=800|taxid=9606|alleles='(LARGEDELETION)/-'|mol=Genomic TGATGTTTAA ACTTCCTTTA ATTTAACTTA AAGATGATCC TACAAAAACT ATGAAAAAAA
TTAACTATTT TGCTAATATT TATTTTTGAG GAGATGTGTG AAATTTATCT GGGTAACTGA
AGTCAAATGT GTAATCAAGG GGTTTATTAT ATAGGAGATA ACATTTGTAT AAATTTACTT
ATAAACCACA CATTCATTAC ATATATTCAT GAACTAAAAG AAAGACAAGT AAATTCAATT
TACTCTTGAA ATGCTATTCT ATCTTAAAAC AAATTATACA GATGACTACC ACTGTCCATA
ACATGAGGAT TTAGGAATTA CCCCCTCTTT TGGTAGTCAA TGTTCAGAAA TTACAGTGTG
TGTGTGTGTG TGTGTGTGTG TTGTTGTTGT TGTTGTTGTT
N
GTTGTTTTTT CAGGTCTGTC ACTTATATAA AGTGAAATTT TGGATTTTAC ATTTTTATTC
AATAAAACAA TTTTCTTTCT ACTGGTGATT TAAGTTCATT TCATTACACT AGAATTAATA
TATTTGGCCT CCATTCTCTT ATATTTTTAA TGTTTTATGC ACACAAGGTA TGTCATTATG
TGGTCACTTA TTTGTTCTCT CTCTCCTCAT ATATTTTGGT ATTTAGAAAG TTTTGCAATT
CTAGAATAAT GGCTATATTT ATAACATTTA TACTAATGCT TTTGAAGAAT ATCCTTAGTC
CTCTAACTTT TTCAAGTTCT ATTGTTTCCC TCTGTAAATG AAATTAAATT TTACTGGGGA
ATTTTTATTC CCCTCCCCCA TCTCCCTACA AATCTGATT
There is no frequency submission for ss50367643.
No sufficient data to compute Hardy-weinberg probability for ss50367643.
There is no individual genotype data for ss50367643.
| 
