GEO Accession viewer

Data table
ID	probeset_id	seqname	strand	start	stop	SPOT_ID	GB_ACC	SPOT_ID	total_probes	gene_assignment	mrna_assignment	swissprot	unigene	category
12678162	12678162	chr1	+	52363681	52364912	chr1(+):52363681-52364912	NM_001105490		26	NM_001105490 // CCDC54 // coiled-coil domain containing 54 // --- // 100125920 /// ENSBTAT00000063186 // CCDC54 // coiled-coil domain containing 54 // --- // 100125920 /// BC114016 // CCDC54 // coiled-coil domain containing 54 // --- // 100125920	NM_001105490 // RefSeq // Bos taurus coiled-coil domain containing 54 (CCDC54), mRNA. // chr1 // 100 // 100 // 26 // 26 // 0 /// ENSBTAT00000063186 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:UMD3.1:1:52363681:52364911:1 gene:ENSBTAG00000046313 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 100 // 26 // 26 // 0 /// BC114016 // GenBank // Bos taurus coiled-coil domain containing 54, mRNA (cDNA clone MGC:137076 IMAGE:8009238), complete cds. // chr1 // 100 // 100 // 26 // 26 // 0	NM_001105490 // Q29RU3 /// ENSBTAT00000063186 // Q29RU3 /// BC114016 // Q29RU3	NM_001105490 // Bt.97953 // liver\| testis\| calf /// ENSBTAT00000063186 // Bt.97953 // liver\| testis\| calf /// BC114016 // Bt.97953 // liver\| testis\| calf	main
12678166	12678166	chr1	+	123009129	123060130	chr1(+):123009129-123060130	NM_001105506		22	NM_001105506 // PLSCR1 // phospholipid scramblase 1 // --- // 100125943 /// ENSBTAT00000044362 // PLSCR1 // phospholipid scramblase 1 // --- // 100125943 /// BC149269 // PLSCR1 // phospholipid scramblase 1 // --- // 100125943	NM_001105506 // RefSeq // Bos taurus phospholipid scramblase 1 (PLSCR1), mRNA. // chr1 // 100 // 100 // 22 // 22 // 0 /// ENSBTAT00000044362 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:UMD3.1:1:123009129:123060090:1 gene:ENSBTAG00000031306 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 100 // 22 // 22 // 0 /// BC149269 // GenBank // Bos taurus phospholipid scramblase 1, mRNA (cDNA clone MGC:148322 IMAGE:8044257), complete cds. // chr1 // 100 // 100 // 22 // 22 // 0	NM_001105506 // A6QPD9 /// ENSBTAT00000044362 // E1BK12 /// ENSBTAT00000044362 // A6QPD9 /// BC149269 // A6QPD9	NM_001105506 // Bt.50321 // liver\| calf /// ENSBTAT00000044362 // Bt.50321 // liver\| calf /// BC149269 // Bt.50321 // liver\| calf	main
12678175	12678175	chr1	+	41953493	41956764	chr1(+):41953493-41956764	XM_001788046		21	XM_001788046 // LOC100137810 // uncharacterized LOC100137810 // --- // 100137810 /// ENSBTAT00000032401 // LOC100137810 // uncharacterized LOC100137810 // --- // 100137810	XM_001788046 // RefSeq // PREDICTED: Bos taurus uncharacterized LOC100137810 (LOC100137810), mRNA. // chr1 // 100 // 100 // 21 // 21 // 0 /// ENSBTAT00000032401 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:UMD3.1:1:41955547:41957126:1 gene:ENSBTAG00000023668 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 38 // 8 // 8 // 0	ENSBTAT00000032401 // E1BFC7	---	main
12678178	12678178	chr1	+	74466956	74470640	chr1(+):74466956-74470640	BC142078		28	BC142078 // LOC100138235 // glypican 5-like // --- // 100138235	BC142078 // GenBank // Bos taurus cDNA clone IMAGE:8066625. // chr1 // 100 // 100 // 28 // 28 // 0	---	BC142078 // Bt.71312 // liver\| calf	main
12678183	12678183	chr1	+	4955364	4956425	chr1(+):4955364-4956425	XM_001787777		22	XM_001787777 // KRTAP24-1 // keratin associated protein 24-1 // --- // 100138320 /// ENSBTAT00000063306 // KRTAP24-1 // keratin associated protein 24-1 // --- // 100138320	XM_001787777 // RefSeq // PREDICTED: Bos taurus keratin associated protein 24-1 (KRTAP24-1), mRNA. // chr1 // 100 // 100 // 22 // 22 // 0 /// ENSBTAT00000063306 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:UMD3.1:1:4955536:4956408:1 gene:ENSBTAG00000046384 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 91 // 20 // 20 // 0 /// GENSCAN00000005146 // ENSEMBL // cdna:genscan chromosome:UMD3.1:1:4955364:4956326:1 transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 59 // 13 // 13 // 0	ENSBTAT00000063306 // G3N073	ENSBTAT00000063306 // Bt.104320 // skin\|fetus	main
12678186	12678186	chr1	+	65718095	65720164	chr1(+):65718095-65720164		GENSCAN00000043173	23	---	GENSCAN00000043173 // ENSEMBL // cdna:genscan chromosome:UMD3.1:1:65706905:65720114:1 transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 83 // 19 // 19 // 0	---	---	main
12678189	12678189	chr1	+	84326119	84525728	chr1(+):84326119-84525728	XM_002684886		23	XM_002684886 // MCF2L2 // MCF.2 cell line derived transforming sequence-like 2 // --- // 100139125 /// ENSBTAT00000013720 // MCF2L2 // MCF.2 cell line derived transforming sequence-like 2 // --- // 100139125	XM_002684886 // RefSeq // PREDICTED: Bos taurus MCF.2 cell line derived transforming sequence-like 2 (MCF2L2), mRNA. // chr1 // 100 // 100 // 23 // 23 // 0 /// ENSBTAT00000013720 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:UMD3.1:1:84324970:84525526:1 gene:ENSBTAG00000010394 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 100 // 23 // 23 // 0 /// GENSCAN00000004450 // ENSEMBL // cdna:genscan chromosome:UMD3.1:1:84329580:84415400:1 transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 39 // 9 // 9 // 0 /// GENSCAN00000004454 // ENSEMBL // cdna:genscan chromosome:UMD3.1:1:84444265:84509466:1 transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 17 // 4 // 4 // 0	ENSBTAT00000013720 // F1MQ44	XM_002684886 // Bt.66611 // --- /// ENSBTAT00000013720 // Bt.66611 // ---	main
12678219	12678219	chr1	+	64552411	64559966	chr1(+):64552411-64559966		ENSBTAT00000018814	24	ENSBTAT00000018814 // BT.61788 // --- // --- // ---	ENSBTAT00000018814 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:UMD3.1:1:64552516:64557030:1 gene:ENSBTAG00000014157 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 92 // 22 // 22 // 0	ENSBTAT00000018814 // F1MMA3	---	main
12678223	12678223	chr1	+	76850454	77001495	chr1(+):76850454-77001495		ENSBTAT00000066200	27	ENSBTAT00000066200 // GMNC // geminin coiled-coil domain containing // --- // 100139788	ENSBTAT00000066200 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:UMD3.1:1:76996347:77001495:1 gene:ENSBTAG00000023593 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 44 // 12 // 12 // 0	ENSBTAT00000066200 // G3MXZ4	---	main
12678232	12678232	chr1	+	158171126	158172898	chr1(+):158171126-158172898	XR_083440		18	XR_083440 // LOC100139888 // heterogeneous nuclear ribonucleoproteins C1/C2-like // --- // 100139888	XR_083440 // RefSeq // PREDICTED: Bos taurus heterogeneous nuclear ribonucleoproteins C1/C2-like (LOC100139888), miscRNA. // chr1 // 85 // 72 // 11 // 13 // 0 /// GENSCAN00000035439 // ENSEMBL // cdna:genscan chromosome:UMD3.1:1:158120993:158172724:1 transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 28 // 5 // 5 // 0	---	XR_083440 // Bt.104370 // testis	main
12678235	12678235	chr1	+	95201065	95206791	chr1(+):95201065-95206791		ENSBTAT00000052461	23	ENSBTAT00000052461 // ZSCAN23 // --- // --- // ---	ENSBTAT00000052461 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:UMD3.1:1:95203732:95206770:1 gene:ENSBTAG00000037965 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 70 // 16 // 16 // 0	ENSBTAT00000052461 // E1BBS4	---	main
12678240	12678240	chr1	+	82540596	82550283	chr1(+):82540596-82550283	XM_002684871		10	XM_002684871 // LOC100140254 // tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein, zeta polypeptide-like // --- // 100140254	XM_002684871 // RefSeq // PREDICTED: Bos taurus tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein, zeta polypeptide-like (LOC100140254), mRNA. // chr1 // 100 // 100 // 10 // 10 // 0 /// GENSCAN00000007301 // ENSEMBL // cdna:genscan chromosome:UMD3.1:1:82531895:82550013:1 transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 100 // 10 // 10 // 0	---	---	main
12678244	12678244	chr1	+	96642034	96642735	chr1(+):96642034-96642735		GENSCAN00000044354	25	---	GENSCAN00000044354 // ENSEMBL // cdna:genscan chromosome:UMD3.1:1:96601847:96675917:1 transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 100 // 25 // 25 // 0	---	---	main
12678246	12678246	chr1	+	59371394	59387525	chr1(+):59371394-59387525	XM_002684782		23	XM_002684782 // TIGIT // T cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains // --- // 100140801 /// ENSBTAT00000015813 // TIGIT // T cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains // --- // 100140801	XM_002684782 // RefSeq // PREDICTED: Bos taurus T cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains (TIGIT), mRNA. // chr1 // 100 // 100 // 23 // 23 // 0 /// ENSBTAT00000015813 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:UMD3.1:1:59371394:59387525:1 gene:ENSBTAG00000011921 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 100 // 23 // 23 // 0 /// GENSCAN00000037586 // ENSEMBL // cdna:genscan chromosome:UMD3.1:1:59368218:59375625:1 transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 78 // 18 // 18 // 0	ENSBTAT00000015813 // E1BF67	---	main
12678251	12678251	chr1	+	4893265	4895000	chr1(+):4893265-4895000	BC119911		24	BC119911 // KRTAP27-1 // keratin associated protein 27-1 // --- // 100141020	BC119911 // GenBank // Bos taurus cDNA clone IMAGE:8284388, partial cds. // chr1 // 100 // 100 // 24 // 24 // 0	BC119911 // Q0VCZ9	BC119911 // Bt.75698 // skin\|fetus	main
12678254	12678254	chr1	+	45021286	45044430	chr1(+):45021286-45044430	EF432552		8	EF432552 // PRDM9 // PR domain containing 9 // --- // 100190914	EF432552 // GenBank // Bos taurus chromosome 1 PR domain zinc finger protein 9 (PRDM9) mRNA, PRDM9-meisetz allele, partial cds. // chr1 // 100 // 38 // 3 // 3 // 0	EF432552 // A3RLY6	EF432552 // Bt.100752 // ---	main
12678266	12678266	chr1	+	93789331	93798359	chr1(+):93789331-93798359	XM_002683605		10	XM_002683605 // LOC100294973 // aTP-binding cassette, sub-family C (CFTR/MRP), member 4-like // --- // 100294973	XM_002683605 // RefSeq // PREDICTED: Bos taurus aTP-binding cassette, sub-family C (CFTR/MRP), member 4-like (LOC100294973), mRNA. // chr1 // 100 // 100 // 10 // 10 // 0 /// GENSCAN00000002190 // ENSEMBL // cdna:genscan chromosome:UMD3.1:1:93714961:94025141:1 transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 30 // 3 // 3 // 0	---	---	main
12678271	12678271	chr1	+	77415804	77436595	chr1(+):77415804-77436595		ENSBTAT00000017899	28	ENSBTAT00000017899 // TMEM207 // transmembrane protein 207 // --- // 100295666 /// XM_002702440 // TMEM207 // transmembrane protein 207 // --- // 100295666	ENSBTAT00000017899 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:UMD3.1:1:77415804:77436583:1 gene:ENSBTAG00000013456 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 100 // 28 // 28 // 0 /// XM_002702440 // RefSeq // PREDICTED: Bos taurus transmembrane protein 207 (TMEM207), mRNA. // chr1 // 93 // 100 // 26 // 28 // 0 /// GENSCAN00000028901 // ENSEMBL // cdna:genscan chromosome:UMD3.1:1:77427716:77436466:1 transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 29 // 8 // 8 // 0	ENSBTAT00000017899 // E1B7Y0	ENSBTAT00000017899 // Bt.99286 // kidney\| calf /// XM_002702440 // Bt.99286 // kidney\| calf	main
12678279	12678279	chr1	+	152898001	152899476	chr1(+):152898001-152899476		GENSCAN00000003915	17	---	GENSCAN00000003915 // ENSEMBL // cdna:genscan chromosome:UMD3.1:1:152898001:152930229:1 transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 94 // 16 // 16 // 0	---	---	main
12678281	12678281	chr1	+	4693604	4703336	chr1(+):4693604-4703336	XM_002702416		8	XM_002702416 // LOC100296223 // uncharacterized LOC100296223 // --- // 100296223	XM_002702416 // RefSeq // PREDICTED: Bos taurus uncharacterized LOC100296223 (LOC100296223), mRNA. // chr1 // 100 // 100 // 8 // 8 // 0	---	---	main