GEO help: Mouse over screen elements for information.
Status
Public on May 28, 2004
Title
[Mapping10K_Xba131] Affymetrix Human Mapping 10K SNP Array
Technology type
in situ oligonucleotide
Distribution
commercial
Organism
Homo sapiens
Manufacturer
Affymetrix
Manufacture protocol
see manufacturer's web site
Description
Affymetrix submissions are typically submitted to GEO using the GEOarchive method described at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/geo/info/geo_affy.html The GeneChip® Human Mapping 10K Array enables genotyping of greater than 10,000 Single Nucleotide Polymorphism (SNP) loci on a single array. The SNPs on this array were chosen from The SNP Consortium (TSC) database based on their presence on 250- to 1,000-basepair Xba I fragments in the human genome. SNPs were chosen based upon high reproducibility, call rate, accuracy, and physical map position. These SNPs have been validated across a minimum of 200 individuals from at least three distinct populations, Caucasian, Asian, and African-American. The average heterozygosity of the markers is greater than .35 across these populations. Annotations taken from CSV (2.8 MB, 3/11/05).
Web link
http://www.affymetrix.com/support/technical/byproduct.affx?product=10k http://www.affymetrix.com/analysis/index.affx
Submission date
May 28, 2004
Last update date
Jun 03, 2009
Organization
Affymetrix, Inc.
E-mail(s)
geo@ncbi.nlm.nih.gov, support@affymetrix.com
Phone
888-362-2447
URL
http://www.affymetrix.com/index.affx
Street address
City
Santa Clara
State/province
CA
ZIP/Postal code
95051
Country
USA
Samples (372)
GSM64198 , GSM64199 , GSM64200 , GSM64201 , GSM64202 , GSM64203
GSM64204 ,
GSM64205 ,
GSM64206 ,
GSM64207 ,
GSM85242 ,
GSM85243 ,
GSM85244 ,
GSM85245 ,
GSM85246 ,
GSM85247 ,
GSM85248 ,
GSM85249 ,
GSM85250 ,
GSM85251 ,
GSM85252 ,
GSM85253 ,
GSM85254 ,
GSM85255 ,
GSM85256 ,
GSM85257 ,
GSM85258 ,
GSM85259 ,
GSM85260 ,
GSM85261 ,
GSM85262 ,
GSM85263 ,
GSM85264 ,
GSM85265 ,
GSM85266 ,
GSM85267 ,
GSM85268 ,
GSM85269 ,
GSM85270 ,
GSM85271 ,
GSM85272 ,
GSM85273 ,
GSM85274 ,
GSM85275 ,
GSM85276 ,
GSM85277 ,
GSM85278 ,
GSM85279 ,
GSM85280 ,
GSM85281 ,
GSM85282 ,
GSM85283 ,
GSM85284 ,
GSM85285 ,
GSM85286 ,
GSM85287 ,
GSM85288 ,
GSM85289 ,
GSM85290 ,
GSM85291 ,
GSM85292 ,
GSM85293 ,
GSM85294 ,
GSM85295 ,
GSM85296 ,
GSM85297 ,
GSM85298 ,
GSM85299 ,
GSM85300 ,
GSM85301 ,
GSM85302 ,
GSM85303 ,
GSM85304 ,
GSM85305 ,
GSM85306 ,
GSM85307 ,
GSM85308 ,
GSM85309 ,
GSM85310 ,
GSM85311 ,
GSM85312 ,
GSM85313 ,
GSM85314 ,
GSM85315 ,
GSM85316 ,
GSM85317 ,
GSM85318 ,
GSM85319 ,
GSM104437 ,
GSM104438 ,
GSM104439 ,
GSM104440 ,
GSM104441 ,
GSM104442 ,
GSM104443 ,
GSM104444 ,
GSM104445 ,
GSM104446 ,
GSM104447 ,
GSM104448 ,
GSM104449 ,
GSM104450 ,
GSM104451 ,
GSM104452 ,
GSM104453 ,
GSM104454 ,
GSM104455 ,
GSM104456 ,
GSM104457 ,
GSM104458 ,
GSM104459 ,
GSM104460 ,
GSM104461 ,
GSM104462 ,
GSM104463 ,
GSM114601 ,
GSM114602 ,
GSM114609 ,
GSM114610 ,
GSM114611 ,
GSM121528 ,
GSM121529 ,
GSM173396 ,
GSM173397 ,
GSM173401 ,
GSM173405 ,
GSM173411 ,
GSM173423 ,
GSM173424 ,
GSM173428 ,
GSM181439 ,
GSM181440 ,
GSM181441 ,
GSM181442 ,
GSM181443 ,
GSM181444 ,
GSM181445 ,
GSM181446 ,
GSM181447 ,
GSM181448 ,
GSM181449 ,
GSM181450 ,
GSM181451 ,
GSM181452 ,
GSM181453 ,
GSM181454 ,
GSM181455 ,
GSM181456 ,
GSM181457 ,
GSM181458 ,
GSM181459 ,
GSM181460 ,
GSM181461 ,
GSM181462 ,
GSM181463 ,
GSM181464 ,
GSM181465 ,
GSM181466 ,
GSM181467 ,
GSM181468 ,
GSM181469 ,
GSM181470 ,
GSM181471 ,
GSM181472 ,
GSM181473 ,
GSM181474 ,
GSM181475 ,
GSM181476 ,
GSM181477 ,
GSM181478 ,
GSM181479 ,
GSM181480 ,
GSM181481 ,
GSM181482 ,
GSM181483 ,
GSM181484 ,
GSM181485 ,
GSM181486 ,
GSM181487 ,
GSM181488 ,
GSM181489 ,
GSM181490 ,
GSM181491 ,
GSM181492 ,
GSM181493 ,
GSM181494 ,
GSM181495 ,
GSM181496 ,
GSM181497 ,
GSM181498 ,
GSM181499 ,
GSM181500 ,
GSM181501 ,
GSM181502 ,
GSM181503 ,
GSM181504 ,
GSM181505 ,
GSM181506 ,
GSM181507 ,
GSM181508 ,
GSM181509 ,
GSM181510 ,
GSM181511 ,
GSM181512 ,
GSM181513 ,
GSM181514 ,
GSM181515 ,
GSM181516 ,
GSM181517 ,
GSM181518 ,
GSM181519 ,
GSM181520 ,
GSM181521 ,
GSM181522 ,
GSM181523 ,
GSM194968 ,
GSM194969 ,
GSM194970 ,
GSM206590 ,
GSM206591 ,
GSM206592 ,
GSM206593 ,
GSM206594 ,
GSM206595 ,
GSM206596 ,
GSM206597 ,
GSM206598 ,
GSM206599 ,
GSM206600 ,
GSM206601 ,
GSM206602 ,
GSM206603 ,
GSM206604 ,
GSM206605 ,
GSM271342 ,
GSM271343 ,
GSM271344 ,
GSM271345 ,
GSM271346 ,
GSM271347 ,
GSM271348 ,
GSM271349 ,
GSM271350 ,
GSM271351 ,
GSM271352 ,
GSM271353 ,
GSM271354 ,
GSM271355 ,
GSM271356 ,
GSM271357 ,
GSM271358 ,
GSM271359 ,
GSM271360 ,
GSM271361 ,
GSM271363 ,
GSM271364 ,
GSM271366 ,
GSM271368 ,
GSM271370 ,
GSM271371 ,
GSM271373 ,
GSM271374 ,
GSM271376 ,
GSM271378 ,
GSM271380 ,
GSM271381 ,
GSM438355 ,
GSM438356 ,
GSM488217 ,
GSM488218 ,
GSM488219 ,
GSM488220 ,
GSM488221 ,
GSM488222 ,
GSM488223 ,
GSM488224 ,
GSM488225 ,
GSM488226 ,
GSM488227 ,
GSM488228 ,
GSM488229 ,
GSM488230 ,
GSM488231 ,
GSM488232 ,
GSM488233 ,
GSM488234 ,
GSM488235 ,
GSM488236 ,
GSM488237 ,
GSM488238 ,
GSM488239 ,
GSM488240 ,
GSM488241 ,
GSM488242 ,
GSM488243 ,
GSM488244 ,
GSM488245 ,
GSM488246 ,
GSM488247 ,
GSM488248 ,
GSM488249 ,
GSM488250 ,
GSM488251 ,
GSM488252 ,
GSM488253 ,
GSM488254 ,
GSM488255 ,
GSM488256 ,
GSM488257 ,
GSM488258 ,
GSM488259 ,
GSM488260 ,
GSM488261 ,
GSM488262 ,
GSM488263 ,
GSM488264 ,
GSM488265 ,
GSM488266 ,
GSM488267 ,
GSM488268 ,
GSM488269 ,
GSM488270 ,
GSM488271 ,
GSM488272 ,
GSM488273 ,
GSM488274 ,
GSM488275 ,
GSM488276 ,
GSM488277 ,
GSM488278 ,
GSM488279 ,
GSM488280 ,
GSM488281 ,
GSM488282 ,
GSM488283 ,
GSM488284 ,
GSM488285 ,
GSM488286 ,
GSM488287 ,
GSM488288 ,
GSM488289 ,
GSM488290 ,
GSM488291 ,
GSM488292 ,
GSM488293 ,
GSM488294 ,
GSM488295 ,
GSM488296 ,
GSM488297 ,
GSM488298 ,
GSM488299 ,
GSM488300 ,
GSM488301 ,
GSM488302 ,
GSM488303 ,
GSM488304 ,
GSM863826 ,
GSM863843 ,
GSM863851 ,
GSM863853 ,
GSM863857 ,
GSM863859 ,
GSM863862 ,
GSM863864 ,
GSM863865 ,
GSM863867 ,
GSM863868 ,
GSM863870 ,
GSM863872 ,
GSM863896 ,
GSM863897 ,
GSM863899
Series (14)
GSE2959
Genome-wide SNP Microarray Mapping in Basal Cell Carcinomas Unveils Uniparental Disomy as a Key Somatic Event.
GSE3743
Human Breast Tumor SNPs
GSE4176
Genomic and expression profiling identifies Syk as a possible therapeutic target in mantle cell lymphoma
GSE5082
SNP Analysis of Primary Glioblastoma Cell Lines
GSE5347
High Resolution Copy Number Analysis of Paraffin Embedded Archival Tissue Using SNP BeadArrays
GSE7210
Relapse versus diagnostic acute myeloid leukaemia samples analysed using Affymetrix 10K SNP array
GSE7490
Frequent Partial Uniparental Disomy Due to Somatic Recombination in Acute Myeloid Leukemias
GSE7946
SNP array analysis of chromosomal instability patterns discriminates rectal adenomas from carcinomas
GSE8333
SNP array analysis of neuroblastoma tumors
GSE10747
Analysis of genetic changes in MCF10A series cells and MCFDCIS derived xenografts
GSE17595
Affymetrix SNP array data for Sézary Syndrome (SS) samples
GSE17602
Identification of regions and genes important in Sézary syndrome pathogenesis using genomic and expression microarrays
GSE19594
SNP array data of breast cancer
GSE35216
Identification of ZDHHC14 as a novel tumor suppressor gene commonly downregulated in human cancers
Data table header descriptions
ID
dbSNP RS ID
refSNP ID
Chromosome
Genome Version
DB SNP Version
Physical Position
Strand
ChrX pseudo-autosomal region
Cytoband
SEQUENCE
Flanking Sequence
Allele A
Allele B
Associated Gene
Genetic Map
Microsatellite
Fragment Length Start Stop
Freq Asian
Freq AfAm
Freq Cauc
Het Asian
Het AfAm
Het Cauc
Num chrm Asian
Num chrm AfAm
Num chrm Cauc
Data table
ID
dbSNP RS ID
Chromosome
Genome Version
DB SNP Version
Physical Position
Strand
ChrX pseudo-autosomal region
Cytoband
SEQUENCE
Allele A
Allele B
Associated Gene
Genetic Map
Microsatellite
Fragment Length Start Stop
Freq Asian
Freq AfAm
Freq Cauc
Het Asian
Het AfAm
Het Cauc
Num chrm Asian
Num chrm AfAm
Num chrm Cauc
SNP_A-1512540
rs736723
9
NCBI Build 35, May 2004
123, October 2004
22205296
-
FALSE
p21.3
attttgaaaatcatgg[G/T]tttctctagtgtgccg
G
T
NM_022160 // upstream // 231544 // Hs.371976 // DMRTA1 // 63951 // Homo sapiens DMRT-like family A1 (DMRTA1), mRNA. /// NM_004936 // upstream // 205984 // Hs.72901 // CDKN2B // 1030 // Homo sapiens cyclin-dependent kinase inhibitor 2B (p15, inhibits CDK4) (CDKN2B), transcript variant 1, mRNA. /// NM_078487 // upstream // 206025 // Hs.72901 // CDKN2B // 1030 // Homo sapiens cyclin-dependent kinase inhibitor 2B (p15, inhibits CDK4) (CDKN2B), transcript variant 2, mRNA. /// ENST00000325870 // upstream // 231544 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000276925 // upstream // 205984 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000344729 // upstream // 206025 // --- // --- // --- // ---
41.803824228771 // D9S171 // 43.5382945372626 // --- // --- /// 37.812016172033 // D9S1870 // D9S1833 // AFM336YA9 // AFMB072ZC1 /// 49.4624635122595 // D9S1870 // --- // --- // 49516
D9S790 // upstream // 69609 /// D9S966 // downstream // 815
710 // 22204896 // 22205605
0.1
0.541
0.048
0.18
0.497
0.091
40
74
84
SNP_A-1509717
rs717289
6
NCBI Build 35, May 2004
123, October 2004
85962027
+
FALSE
q14.3
tgttatagatctgatc[A/G]tgaattctcttagaaa
A
G
AJ010278 // upstream // 431409 // Hs.251830 // TBX18 // 9096 // Homo sapiens mRNA for TBX18 protein, partial. /// NM_002526 // upstream // 254501 // Hs.153952 // NT5E // 4907 // Homo sapiens 5'-nucleotidase, ecto (CD73) (NT5E), mRNA. /// ENST00000330469 // upstream // 432130 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000230608 // upstream // 431409 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000257770 // upstream // 254501 // --- // --- // --- // ---
122.16271593577 // D6S1595 // 93.2719056080874 // --- // --- /// 92.4471487075405 // D6S1634 // D6S1595 // AFMB307XF1 // AFMA312ZB1 /// 92.4 // --- // --- // 39580 // 260003
D6S1652 // upstream // 49071 /// D6S1407 // downstream // 31843
556 // 85961581 // 85962136
0.75
0.793
0.583
0.375
0.329
0.486
40
82
84
SNP_A-1514791
rs3844275
3
NCBI Build 35, May 2004
123, October 2004
133361727
-
FALSE
q22.1
acttgcttaggagaaa[A/G]ggcaaatttattgctc
A
G
NM_130808 // upstream // 120579 // Hs.199877 // CPNE4 // 131034 // Homo sapiens copine IV (CPNE4), mRNA. /// NM_130808 // upstream // 119864 // Hs.199877 // CPNE4 // 131034 // Homo sapiens copine IV (CPNE4), mRNA. /// NM_001099 // upstream // 157222 // Hs.433060 // ACPP // 55 // Homo sapiens acid phosphatase, prostate (ACPP), mRNA. /// ENST00000351273 // upstream // 157222 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000356700 // upstream // 120579 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000357965 // upstream // 119864 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000357136 // upstream // 119864 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000354260 // upstream // 120579 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000336375 // upstream // 157222 // --- // --- // --- // ---
175.230873567574 // D3S2322 // 138.989031530972 // --- // --- /// 145.809426323946 // RHO // D3S1290 // MFD2 // AFM198YH6 /// 136.886591144194 // --- // --- // 48533 // 769771
D3S1596 // upstream // 188727 /// D3S1541 // downstream // 158746
716 // 133361446 // 133362161
0.725
0.585
0.631
0.399
0.485
0.466
40
82
84
SNP_A-1514238
rs883758
14
NCBI Build 35, May 2004
123, October 2004
100776519
-
FALSE
q32.31
gtaaggtgacatattc[A/G]cagattcttgggattg
A
G
NM_001362 // upstream // 320922 // Hs.49322 // DIO3 // 1735 // Homo sapiens deiodinase, iodothyronine, type III (DIO3), mRNA. /// ENST00000359323 // upstream // 320922 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000357288 // downstream // 346120 // --- // --- // --- // ---
135.82984080416 // D14S272 // 117.044918254604 // --- // --- /// 128.441577139552 // D14S985 // D14S1051 // AFMA175YE5 // AFM345WB9 /// 110.929232075656 // --- // --- // 49900 // 43918
D14S305 // upstream // 290020 /// D1S3497 // downstream // 287115
981 // 100775790 // 100776770
0.357
0.847
0.69
0.459
0.259
0.427
28
72
84
SNP_A-1507421
rs187861
2
NCBI Build 35, May 2004
123, October 2004
107572863
+
FALSE
q12.3
caatctaggtgaaaga[C/T]gggagttcaggcaggt
C
T
NM_032528 // upstream // 610795 // Hs.98265 // ST6GAL2 // 84620 // Homo sapiens beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransferase II (ST6GalII), mRNA. /// ENST00000360640 // upstream // 611735 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000359054 // upstream // 611735 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000272453 // upstream // 610795 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000359767 // upstream // 610795 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000354986 // upstream // 329043 // --- // --- // --- // ---
154.680044858594 // D2S1890 // 120.703664910015 // --- // --- /// 118.641505234255 // D2S2386 // UNKNOWN // AFMA083ZB5 // GATA123D02 /// 112.572583369871 // --- // --- // 58744 // 512031
D2S1784 // upstream // 233730 /// D2S2386 // downstream // 600411
403 // 107572596 // 107572998
0.95
0.381
0.667
0.095
0.472
0.444
40
84
84
SNP_A-1515850
rs1048610
2
NCBI Build 35, May 2004
123, October 2004
9585454
-
FALSE
p25.1
gctgcagggacctttc[C/T]ggccgctgtgtgccct
C
T
NM_021832 // CDS // 0 // Hs.404914 // ADAM17 // 6868 // Homo sapiens a disintegrin and metalloproteinase domain 17 (tumor necrosis factor, alpha, converting enzyme) (ADAM17), transcrip /// NM_003183 // CDS // 0 // Hs.404914 // ADAM17 // 6868 // Homo sapiens a disintegrin and metalloproteinase domain 17 (tumor necrosis factor, alpha, converting enzyme) (ADAM17), transcrip /// ENST00000342158 // CDS // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000310823 // CDS // 0 // --- // --- // --- // ---
18.1347097660335 // D2S2169 // 23.5273548830167 // --- // --- /// 21.0270389710172 // D2S2243 // D2S398 // AFMA356ZH9 // AFMA127XB9 /// 22.7886201621248 // --- // --- // 521909 // 41740
D10S2166 // upstream // 89250 /// D2S2207 // downstream // 7193
788 // 9584942 // 9585729
0.1
0.69
0.548
0.18
0.427
0.495
40
84
84
SNP_A-1507580
rs949578
6
NCBI Build 35, May 2004
123, October 2004
112812960
-
FALSE
q21
tcaatgcctcagctgc[A/G]ataaaaaagttacaaa
A
G
ENST00000332292 // upstream // 22990 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000309379 // upstream // 1454199 // --- // --- // --- // ---
153.668641203933 // D6S432 // 116.66355317315 // --- // --- /// 118.578080639693 // D6S1698 // D6S474 // AFMA058ZB9 // GATA31 /// 116.902007180392 // D6S1647 // D6S474 // --- // ---
D6S1915 // upstream // 169543 /// D6S416 // downstream // 254991
940 // 112812830 // 112813769
0.425
0.286
0.262
0.489
0.408
0.387
40
84
84
SNP_A-1517748
rs1002835
12
NCBI Build 35, May 2004
123, October 2004
26583494
-
FALSE
p11.23
agctgcagagtccaag[A/T]actgttgatctcaagc
A
T
NM_005086 // downstream // 306360 // Hs.183428 // SSPN // 8082 // Homo sapiens sarcospan (Kras oncogene-associated gene) (SSPN), mRNA. /// ENST00000242737 // downstream // 181993 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000242729 // downstream // 306360 // --- // --- // --- // ---
45.4213219946345 // D12S1640 // 48.9318921378877 // --- // --- /// 46.7099515613033 // D12S823 // D12S1042 // UT5561 // ATA27A06 /// 46.6435318219448 // --- // D12S1042 // 737330 // ---
D12S1316 // upstream // 167572 /// D12S2033 // downstream // 201883
840 // 26583219 // 26584058
0.8
0.726
0.226
0.32
0.398
0.35
40
84
84
SNP_A-1518411
rs949459
7
NCBI Build 35, May 2004
123, October 2004
42415509
-
FALSE
p14.1
cattcacctgtcgata[A/G]catttgcattgttcct
A
G
NM_024054 // downstream // 306605 // Hs.214247 // C7orf25 // 79020 // Homo sapiens chromosome 7 open reading frame 25 (C7orf25), mRNA. /// NM_000168 // upstream // 379374 // Hs.199338 // GLI3 // 2737 // Homo sapiens GLI-Kruppel family member GLI3 (Greig cephalopolysyndactyly syndrome) (GLI3), mRNA. /// ENST00000342298 // upstream // 379374 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000350427 // downstream // 306605 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000265526 // upstream // 379374 // --- // --- // --- // ---
77.52 // D7S2428 // 64.6724873913161 // --- // --- /// 64.6467763716154 // D7S691 // D7S2436 // AFM350VA9 // AFMA204ZD1 /// 57.386340569985 // --- // --- // 893346 // 265294
D7S1768 // upstream // 130924 /// D7S2694 // downstream // 80525
515 // 42415192 // 42415706
0
0.179
0.274
0
0.293
0.398
40
84
84
SNP_A-1509476
rs652373
10
NCBI Build 35, May 2004
123, October 2004
78713203
-
FALSE
q22.3
ctgacaggcaccatct[C/T]ggttagctgtgggacc
C
T
NM_002247 // intron // 0 // Hs.144795 // KCNMA1 // 3778 // Homo sapiens potassium large conductance calcium-activated channel, subfamily M, alpha member 1 (KCNMA1), mRNA. /// U11058 // intron // 0 // Hs.144795 // KCNMA1 // 3778 // Homo sapiens large conductance calcium- and voltage-dependent potassium channel alpha subunit (MaxiK) mRNA, complete cds. /// ENST00000286628 // intron // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000354876 // intron // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000356701 // intron // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000286627 // intron // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000358063 // intron // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000359475 // intron // 0 // --- // --- // --- // ---
123.453892754857 // D10S569 // 96.9620824899819 // --- // --- /// 98.3482766022444 // D10S1136 // D10S569 // UT635 // AFM265ZG5 /// 92.4879806094621 // --- // --- // 953359 // 41428
D10S605 // upstream // 208195 /// D10S2378 // downstream // 432
572 // 78713062 // 78713633
0.55
0.939
0.857
0.495
0.115
0.245
40
82
84
SNP_A-1516125
rs883877
13
NCBI Build 35, May 2004
123, October 2004
43137557
-
FALSE
q14.11
tctttatgcatcctta[A/G]ctcaacattattacaa
A
G
NM_017993 // intron // 0 // Hs.128258 // FLJ10094 // 55068 // Homo sapiens hypothetical protein FLJ10094 (FLJ10094), mRNA. /// ENST00000261488 // intron // 0 // --- // --- // --- // ---
51.3725875017207 // D13S326 // 46.2356345043517 // --- // --- /// 40.580069963521 // D13S1227 // D13S1272 // AFMA110XC5 // AFMB330XH1 /// 39.9879096039843 // --- // D13S291 // 982727 // ---
D13S623 // upstream // 53694 /// D13S748 // downstream // 407651
871 // 43137207 // 43138077
0.475
0.274
0.345
0.499
0.398
0.452
40
84
84
SNP_A-1515652
rs717091
13
NCBI Build 35, May 2004
123, October 2004
43583946
-
FALSE
q14.11
cttagaaggaaaattc[C/T]gcactggtgctgctcc
C
T
NM_153218 // downstream // 219606 // Hs.210586 // FLJ38725 // 144811 // Homo sapiens hypothetical protein FLJ38725 (FLJ38725), mRNA. /// ENST00000325686 // downstream // 219606 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000267129 // downstream // 48791 // --- // --- // --- // ---
52.4363266419234 // D13S326 // 47.2414042091211 // --- // --- /// 41.1761024731593 // D13S1227 // D13S1272 // AFMA110XC5 // AFMB330XH1 /// 40.305207153587 // --- // D13S291 // 982727 // ---
D13S291 // upstream // 133195 /// D13S623 // downstream // 392695
452 // 43583705 // 43584156
0.65
0.226
0.917
0.455
0.35
0.153
40
84
84
SNP_A-1508647
rs998997
5
NCBI Build 35, May 2004
123, October 2004
155410444
-
FALSE
q33.2
tgtaaaatggaggcac[A/G]atggtgagaaagaggt
A
G
ENST00000330584 // downstream // 1033127 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000361117 // upstream // 233599 // --- // --- // --- // ---
207.709396799562 // D5S487 // 160.620802808665 // --- // --- /// 158.042843193233 // D5S2026 // D5S487 // AFMB299YG5 // AFM210VG3 /// 154.172257592529 // D5S1507 // D5S487 // --- // ---
D5S379 // upstream // 153595 /// D5S2852 // downstream // 54156
493 // 155410354 // 155410846
1
0.598
0.987
0
0.481
0.025
40
82
78
SNP_A-1510443
rs883805
1
NCBI Build 35, May 2004
123, October 2004
36547117
+
FALSE
p34.3
aagctgagaggtcttg[A/C]ggatatctagaaaact
A
C
NM_145047 // downstream // 5484 // Hs.202207 // NOR1 // 127700 // Homo sapiens oxidored-nitro domain-containing protein (NOR1), transcript variant 1, mRNA. /// NM_032881 // upstream // 14531 // Hs.3496 // LSM10 // 84967 // Homo sapiens LSM10, U7 small nuclear RNA associated (LSM10), mRNA. /// NM_206837 // downstream // 15882 // Hs.202207 // NOR1 // 127700 // Homo sapiens oxidored-nitro domain-containing protein (NOR1), transcript variant 2, mRNA. /// ENST00000356637 // downstream // 5484 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000315732 // upstream // 14531 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000235532 // downstream // 5483 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000315643 // downstream // 5716 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000354267 // downstream // 15882 // --- // --- // --- // ---
73.5220745098862 // D1S472 // 57.2189063228676 // --- // --- /// 64.6537582831768 // D1S1190 // D1S2729 // UT7270 // AFMB037XF1 /// 57.2869351603789 // --- // D1S2729 // 45044 // ---
D1S1416 // upstream // 101461 /// D1S1190 // downstream // 198782
441 // 36546683 // 36547123
0.725
0.725
0.714
0.399
0.399
0.408
40
80
84
SNP_A-1516082
rs949665
3
NCBI Build 35, May 2004
123, October 2004
19588760
+
FALSE
p24.3
aatttttgaccgcctt[G/T]gcttgtagatgtatca
G
T
NM_144633 // downstream // 36623 // Hs.475656 // KCNH8 // 131096 // Homo sapiens potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 8 (KCNH8), mRNA. /// NM_144715 // downstream // 307212 // Hs.257224 // EFHB // 151651 // Homo sapiens hypothetical protein FLJ25200 (FLJ25200), mRNA. /// ENST00000328405 // downstream // 36623 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000295824 // downstream // 307212 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000344838 // downstream // 322519 // --- // --- // --- // ---
38.9830076706576 // D3S1293 // 40.192350903464 // --- // --- /// 42.7114085027788 // D3S3726 // D3S3038 // AFMA083YE5 // GATA73D01 /// 39.7902563052004 // --- // --- // 260258 // 755391
D3S4109 // upstream // 329388 /// D3S3726 // downstream // 79650
625 // 19588624 // 19589248
0.725
0.917
0.75
0.399
0.153
0.375
40
84
84
SNP_A-1507612
rs950000
10
NCBI Build 35, May 2004
123, October 2004
29460411
-
FALSE
p11.23
gtaaccgcatcaaaag[A/G]aaggtgaggccttcct
A
G
NM_183058 // upstream // 157619 // Hs.522610 // LYZL2 // 119180 // Homo sapiens lysozyme-like 2 (LYZL2), mRNA. /// NM_032517 // upstream // 157619 // Hs.117530 // LYZL1 // 84569 // Homo sapiens lysozyme-like 1 (LYZL1), mRNA. /// ENST00000277685 // upstream // 231989 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000239738 // upstream // 157619 // --- // --- // --- // ---
58.5473075306427 // D10S601 // 54.8889778501678 // --- // --- /// 56.8950772316131 // UNKNOWN // D10S1684 // GGAA6E04 // AFMA282XB1 /// 51.8992890416189 // --- // --- // 608583 // 39097
D10S213 // upstream // 52663 /// D10S1214 // downstream // 5890
627 // 29460066 // 29460692
0.225
0.512
0.488
0.349
0.5
0.5
40
84
84
SNP_A-1508245
rs1075906
18
NCBI Build 35, May 2004
123, October 2004
41756188
-
FALSE
q12.3
tgcggagcaattgggc[A/C]aaataataatccttga
A
C
ENST00000282041 // intron // 0 // --- // --- // --- // ---
79.5108670077535 // D18S72 // 65.0855116126834 // --- // --- /// 66.4569021245732 // D18S1128 // D18S72 // AFMB314WC1 // AFM256VD5 /// 67.2393106729785 // --- // --- // 930989 // 543609
D18S1065 // upstream // 56150 /// D18S1094 // downstream // 427351
602 // 41755650 // 41756251
0.658
0.321
0.573
0.45
0.436
0.489
38
78
82
SNP_A-1512298
rs1072627
12
NCBI Build 35, May 2004
123, October 2004
20340859
+
FALSE
p12.2
ttgctttatggttaag[C/T]atgtggtcaattttag
C
T
NM_153207 // downstream // 776014 // Hs.504943 // AEBP2 // 121536 // Homo sapiens AE binding protein 2 (AEBP2), mRNA. /// NM_153207 // downstream // 776435 // Hs.504943 // AEBP2 // 121536 // Homo sapiens AE binding protein 2 (AEBP2), mRNA. /// NM_000921 // upstream // 72627 // Hs.386791 // PDE3A // 5139 // Homo sapiens phosphodiesterase 3A, cGMP-inhibited (PDE3A), mRNA. /// U36798 // upstream // 72627 // Hs.386791 // PDE3A // 5139 // Homo sapiens platelet cGI-PDE mRNA, complete cds. /// ENST00000266508 // downstream // 776014 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000360995 // downstream // 776435 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000325802 // upstream // 72627 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000359062 // upstream // 72627 // --- // --- // --- // ---
30.0025882816111 // D12S1682 // 38.5383337694127 // --- // --- /// 38.0078564343422 // D12S1669 // D12S1682 // AFMB320XE9 // AFMB361ZH5 /// 37.7746608688079 // D12S1650 // --- // --- // 56812
D12S1682 // upstream // 230037 /// D12S1650 // downstream // 178889
569 // 20340515 // 20341083
0.35
0.679
0.917
0.455
0.436
0.153
40
84
84
SNP_A-1514389
rs3856808
3
NCBI Build 35, May 2004
123, October 2004
12505184
+
FALSE
p25.2
agagggacacgtactg[G/T]ctttggctttctgttc
G
T
NM_025265 // intron // 0 // Hs.335550 // SEN2L // 80746 // Homo sapiens likely homolog of yeast SEN2 (SEN2L), mRNA. /// ENST00000314571 // intron // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000284995 // intron // 0 // --- // --- // --- // ---
25.6750976293893 // D3S3610 // 30.5045739988646 // --- // --- /// 35.845140503898 // D3S3589 // D3S3608 // AFMA283YC5 // AFMB029YF5 /// 33.2018953087827 // D3S3680 // D3S3701 // --- // ---
D3S3701 // upstream // 87332 /// D3S732 // downstream // 310349
456 // 12504869 // 12505324
0.975
0.821
0.976
0.049
0.293
0.047
40
84
84
SNP_A-1518409
rs1122080
5
NCBI Build 35, May 2004
123, October 2004
157948481
+
FALSE
q33.3
atgctctgctaatgtg[A/G]catttgtttggtaata
A
G
NM_024007 // downstream // 109526 // Hs.308048 // EBF // 1879 // Homo sapiens early B-cell factor (EBF), mRNA. /// ENST00000313708 // downstream // 109526 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000338871 // upstream // 601168 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000360829 // upstream // 280644 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000336546 // downstream // 110216 // --- // --- // --- // ---
209.341364750462 // D5S412 // 161.954545900185 // --- // --- /// 161.113630735589 // D5S2060 // D5S1971 // AFMC008ZF9 // AFMA184WD5 /// 155.251725770572 // --- // --- // 272584 // 512777
D5S412 // upstream // 186618 /// D5S2060 // downstream // 156149
814 // 157948037 // 157948850
0.4
0.321
0.19
0.48
0.436
0.308
40
84
84
Total number of rows: 11564 Table truncated, full table size 10204 Kbytes .
Supplementary data files not provided