NCBI Logo
GEO Logo
   NCBI > GEO > Accession DisplayHelp Not logged in | LoginHelp
GEO help: Mouse over screen elements for information.
          Go
Platform GPL3811 Query DataSets for GPL3811
Status Public on May 25, 2006
Title Affymetrix GeneChip Early Access Mapping 500K Set Array (250K_Nsp_SNP)
Technology type in situ oligonucleotide
Distribution non-commercial
Organism Homo sapiens
Manufacturer Affymetrix
Manufacture protocol see manufacturer's web site
 
Description Early Access Array
The GeneChip® Human Mapping 500K Array Set is comprised of two arrays (Nsp/Sty arrays).
 
Submission date May 25, 2006
Last update date Oct 05, 2007
Contact name Fan Shen
E-mail(s) Fan_Shen@affymetrix.com
Phone 408-731-5762
Organization name Affymetrix, Inc
Street address 3420 Central Expressway
City Santa Clara
State/province CA
ZIP/Postal code 95051
Country USA
 
Samples (399) GSM112392, GSM112393, GSM112394, GSM112395, GSM112396, GSM112397 
Series (3)
GSE5013 Global variation of copy number in the human genome_EA
GSE8508 Global variation of copy number in the MCF7 genome
GSE9222 Structural Variation of Chromosomes in Autism Spectrum Disorder.

Data table header descriptions
ID Affymetrix Probe Set ID
dbSNP RS ID refSNP ID
Chromosome
Genome Version
DB SNP Version
Physical Position
Strand
ChrX pseudo-autosomal region
Cytoband
Flank
Allele A
Allele B
Associated Gene
Genetic Map
Microsatellite
Fragment Length Start Stop

Data table
ID dbSNP RS ID Chromosome Genome Version DB SNP Version Physical Position Strand ChrX pseudo-autosomal region Cytoband Flank Allele A Allele B Associated Gene Genetic Map Microsatellite Fragment Length Start Stop
SNP_A-1786207 rs539790 1 NCBI Build 35, May 2004 123, October 2004 10822189 - 0 p36.22 cagaaatcattagcta[A/G]aatacagcctccccca A G NM_017766 // upstream // 31216 // Hs.222219 // FLJ20321 // 54897 // Homo sapiens hypothetical protein FLJ20321 (FLJ20321), mRNA. /// NM_173507 // downstream // 119797 // --- // FLJ37118 // 148345 // Homo sapiens hypothetical protein FLJ37118 (FLJ37118), mRNA. /// ENST00000344008 // upstream // 31216 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000308835 // downstream // 119797 // --- // --- // --- // --- 17.755206573729 // D1S2736 // D1S2667 // --- // --- /// 22.6148864922406 // D1S2736 // UNKNOWN // AFMB049WE9 // ATA9B08 /// 18.381747717857 // D1S2736 // --- // --- // 41639 D1S1635 // upstream // 99615 /// D1S1327 // downstream // 37319 267 // 10821992 // 10822258
SNP_A-2006618 rs7531344 1 NCBI Build 35, May 2004 123, October 2004 41176524 + 0 p34.2 ctttataactaactca[C/G]aagaccaggatgacaa C G ENST00000326197 // intron // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000337495 // intron // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000360598 // intron // 0 // --- // --- // --- // --- 65.7259229334991 // D1S2706 // D1S2722 // --- // --- /// 71.3627765650985 // D1S2706 // D1S2661 // AFMA337WC1 // AFMA203YE9 /// 64.1661086481837 // D1S432 // D1S2722 // --- // --- D1S2722 // upstream // 45890 /// D1S3355 // downstream // 30102 841 // 41175970 // 41176810
SNP_A-2010874 rs720318 1 NCBI Build 35, May 2004 123, October 2004 4999367 - 0 p36.32 taacataaacagatga[C/T]ggaaggaaaagaacta C T NM_018836 // downstream // 245144 // Hs.25924 // SHREW1 // 55966 // Homo sapiens transmembrane protein SHREW1 (SHREW1), mRNA. /// ENST00000359090 // downstream // 245144 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000354985 // downstream // 245144 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000253998 // downstream // 857770 // --- // --- // --- // --- 7.92194507656926 // D1S2660 // D1S2132 // --- // --- /// 10.6456739620369 // D1S2845 // UNKNOWN // AFM344WE9 // GATA68D01 /// 11.1287714213836 // D1S2660 // --- // --- // 609730 D1S2132 // upstream // 46986 /// D1S1608 // downstream // 85282 814 // 4998653 // 4999466
SNP_A-2009278 rs1980722 1 NCBI Build 35, May 2004 123, October 2004 4874378 + 0 p36.32 cccattcccagtctca[C/T]ctttttgttgactagt C T NM_018836 // downstream // 120155 // Hs.25924 // SHREW1 // 55966 // Homo sapiens transmembrane protein SHREW1 (SHREW1), mRNA. /// ENST00000359090 // downstream // 120155 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000354985 // downstream // 120155 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000253998 // downstream // 982759 // --- // --- // --- // --- 7.55603234198724 // D1S2660 // D1S2132 // --- // --- /// 10.289644588689 // D1S2845 // UNKNOWN // AFM344WE9 // GATA68D01 /// 11.0281513459119 // D1S2660 // --- // --- // 609730 D1S1608 // upstream // 39707 /// D1S3378 // downstream // 112073 328 // 4874272 // 4874599
SNP_A-2282048 rs746881 1 NCBI Build 35, May 2004 123, October 2004 10281076 - 0 p36.22 ctttggtctcacgtca[C/T]atctgtctgcatctct C T NM_183416 // intron // 0 // Hs.97858 // KIF1B // 23095 // Homo sapiens kinesin family member 1B (KIF1B), transcript variant 2, mRNA. /// NM_015074 // intron // 0 // Hs.97858 // KIF1B // 23095 // Homo sapiens kinesin family member 1B (KIF1B), transcript variant 1, mRNA. /// AB017133 // intron // 0 // Hs.97858 // KIF1B // 23095 // Homo sapiens KIAA0591/KIF1Bbeta mRNA, complete cds. /// ENST00000341829 // intron // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000263934 // intron // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000355249 // intron // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000353409 // intron // 0 // --- // --- // --- // --- 16.7430104910006 // D1S450 // D1S2736 // --- // --- /// 20.1373456369981 // D1S1612 // D1S2736 // GGAA3A07 // AFMB049WE9 /// 17.3554683458756 // D1S1612 // D1S2736 // --- // --- D1S2187 // upstream // 94588 /// D1S3552 // downstream // 320047 442 // 10280861 // 10281302
SNP_A-2281991 rs12120191 1 NCBI Build 35, May 2004 123, October 2004 10280038 - 0 p36.22 caggtctgcccgaaag[A/G]aattctcaccattcac A G NM_183416 // intron // 0 // Hs.97858 // KIF1B // 23095 // Homo sapiens kinesin family member 1B (KIF1B), transcript variant 2, mRNA. /// NM_015074 // intron // 0 // Hs.97858 // KIF1B // 23095 // Homo sapiens kinesin family member 1B (KIF1B), transcript variant 1, mRNA. /// AB017133 // intron // 0 // Hs.97858 // KIF1B // 23095 // Homo sapiens KIAA0591/KIF1Bbeta mRNA, complete cds. /// ENST00000341829 // intron // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000263934 // intron // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000355249 // intron // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000353409 // intron // 0 // --- // --- // --- // --- 16.7428291142497 // D1S450 // D1S2736 // --- // --- /// 20.1355212188571 // D1S1612 // D1S2736 // GGAA3A07 // AFMB049WE9 /// 17.3541384738822 // D1S1612 // D1S2736 // --- // --- D1S2187 // upstream // 95626 /// D1S3552 // downstream // 319009 822 // 10279686 // 10280507
SNP_A-2004023 rs218379 1 NCBI Build 35, May 2004 123, October 2004 37312411 - 0 p34.3 gttttgcaaaagataa[C/T]gttcccctgtaatgtg C T NM_000831 // upstream // 143474 // Hs.2389 // GRIK3 // 2899 // Homo sapiens glutamate receptor, ionotropic, kainate 3 (GRIK3), mRNA. /// NM_025079 // upstream // 296835 // Hs.471918 // FLJ23231 // 80149 // Homo sapiens hypothetical protein FLJ23231 (FLJ23231), mRNA. /// ENST00000296212 // upstream // 143474 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000324002 // upstream // 296835 // --- // --- // --- // --- 58.6330973669042 // D1S2723 // D1S255 // --- // --- /// 65.463834747703 // D1S2729 // D1S255 // AFMB037XF1 // AFM260ZG5 /// 59.7802930195496 // --- // D1S432 // 502862 // --- D1S255 // upstream // 6395 /// D1S1555 // downstream // 19027 1086 // 37311753 // 37312838
SNP_A-2002098 rs705199 1 NCBI Build 35, May 2004 123, October 2004 34511775 - 0 p34.3 aaccagacatgaggaa[C/G]gaaactgaagttcaaa C G NM_032884 // downstream // 157953 // Hs.194610 // MGC15882 // 84970 // Homo sapiens hypothetical protein MGC15882 (MGC15882), mRNA. /// NM_005268 // upstream // 377966 // Hs.198249 // GJB5 // 2709 // Homo sapiens gap junction protein, beta 5 (connexin 31.1) (GJB5), mRNA. /// ENST00000270828 // downstream // 157953 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000338513 // upstream // 377966 // --- // --- // --- // --- 55.6407671880194 // D1S2613 // D1S2730 // --- // --- /// 62.8789869712548 // D1S513 // D1S1190 // AFMA134XF9 // UT7270 /// 56.095056143587 // --- // D1S2729 // 45044 // --- D1S1439 // upstream // 97411 /// D1S2613 // downstream // 181478 434 // 34511725 // 34512158
SNP_A-2004022 rs218381 1 NCBI Build 35, May 2004 123, October 2004 37312110 + 0 p34.3 agagggaggaacttgc[A/G]ccttcataagagactc A G NM_000831 // upstream // 143173 // Hs.2389 // GRIK3 // 2899 // Homo sapiens glutamate receptor, ionotropic, kainate 3 (GRIK3), mRNA. /// NM_025079 // upstream // 297136 // Hs.471918 // FLJ23231 // 80149 // Homo sapiens hypothetical protein FLJ23231 (FLJ23231), mRNA. /// ENST00000296212 // upstream // 143173 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000324002 // upstream // 297136 // --- // --- // --- // --- 58.6318490714577 // D1S2723 // D1S255 // --- // --- /// 65.4635486769552 // D1S2729 // D1S255 // AFMB037XF1 // AFM260ZG5 /// 59.7798035376237 // --- // D1S432 // 502862 // --- D1S255 // upstream // 6696 /// D1S1555 // downstream // 18726 1086 // 37311753 // 37312838
SNP_A-2001337 rs475622 1 NCBI Build 35, May 2004 123, October 2004 33876563 + 0 p35.1 tcaccatcctggataa[A/G]tgtgctccccaggata A G NM_052896 // intron // 0 // Hs.546470 // CSMD2 // 114784 // Homo sapiens CUB and Sushi multiple domains 2 (CSMD2), mRNA. /// ENST00000241312 // intron // 0 // --- // --- // --- // --- 53.8945311709889 // D1S201 // D1S2783 // --- // --- /// 62.3599022914233 // D1S513 // D1S1190 // AFMA134XF9 // UT7270 /// 55.5682185902118 // D1S201 // --- // --- // 45044 D1S1538 // upstream // 80172 /// D1S2182 // downstream // 25313 336 // 33876515 // 33876850
SNP_A-2005185 rs4360495 1 NCBI Build 35, May 2004 123, October 2004 38991416 + 0 p34.3 aatgttagctgctcat[C/G]aactaggactcaagga C G NM_022157 // intron // 0 // Hs.532461 // RRAGC // 64121 // Homo sapiens Ras-related GTP binding C (RRAGC), mRNA. /// ENST00000270814 // intron // 0 // --- // --- // --- // --- 61.8761213568378 // D1S380 // D1S1598 // --- // --- /// 69.6957082379383 // D1S380 // D1S432 // UT499 // AFM214YC7 /// 62.5106671092443 // --- // D1S432 // 502862 // --- D1S432 // upstream // 54747 /// D1S1157 // downstream // 127132 274 // 38991206 // 38991479
SNP_A-1981699 rs10489156 1 NCBI Build 35, May 2004 123, October 2004 20321208 + 0 p36.12 tatgatgaagtggtta[A/G]gatgagaaatttcaaa A G NM_152376 // downstream // 53361 // Hs.432503 // UBXD3 // 127733 // Homo sapiens UBX domain containing 3 (UBXD3), mRNA. /// NM_144623 // upstream // 83506 // Hs.205178 // FLJ32784 // 127731 // Homo sapiens hypothetical protein FLJ32784 (FLJ32784), mRNA. /// ENST00000294544 // downstream // 53361 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000289815 // upstream // 41528 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000289825 // upstream // 83506 // --- // --- // --- // --- 38.9009288530859 // D1S199 // D1S2732 // --- // --- /// 46.1595395184685 // D1S199 // UNKNOWN // AFM078YG5 // ATA47D07 /// 40.9247635022198 // --- // --- // 44838 // 548760 D1S1442 // upstream // 26293 /// D1S2843 // downstream // 65522 846 // 20320531 // 20321376
SNP_A-2001334 rs513049 1 NCBI Build 35, May 2004 123, October 2004 33876072 + 0 p35.1 gacacttggccatgga[C/G]gattgtttcactgact C G NM_052896 // intron // 0 // Hs.546470 // CSMD2 // 114784 // Homo sapiens CUB and Sushi multiple domains 2 (CSMD2), mRNA. /// ENST00000241312 // intron // 0 // --- // --- // --- // --- 53.8930532880638 // D1S201 // D1S2783 // --- // --- /// 62.3595010543909 // D1S513 // D1S1190 // AFMA134XF9 // UT7270 /// 55.5677702702703 // D1S201 // --- // --- // 45044 D1S1538 // upstream // 80663 /// D1S2182 // downstream // 24822 857 // 33875659 // 33876515
SNP_A-2001454 rs3842834 1 NCBI Build 35, May 2004 123, October 2004 33953211 - 0 p35.1 aagcctttcttacctc[C/T]aaatgttgctaatagt C T NM_052896 // intron // 0 // Hs.546470 // CSMD2 // 114784 // Homo sapiens CUB and Sushi multiple domains 2 (CSMD2), mRNA. /// ENST00000241312 // intron // 0 // --- // --- // --- // --- 54.1252374244504 // D1S201 // D1S2783 // --- // --- /// 62.4225377620059 // D1S513 // D1S1190 // AFMA134XF9 // UT7270 /// 55.638203981008 // D1S201 // --- // --- // 45044 D1S1538 // upstream // 3524 /// D1S2182 // downstream // 101961 607 // 33953019 // 33953625
SNP_A-2006054 rs3131671 1 NCBI Build 35, May 2004 123, October 2004 40193783 + 0 p34.2 tgtgactatcctttgc[A/T]aattctaactttctac A T NM_006367 // intron // 0 // Hs.370581 // CAP1 // 10487 // Homo sapiens CAP, adenylate cyclase-associated protein 1 (yeast) (CAP1), mRNA. /// ENST00000340450 // intron // 0 // --- // --- // --- // --- 63.9597695170952 // D1S1598 // D1S2706 // --- // --- /// 70.7196367644517 // D1S432 // D1S2706 // AFM214YC7 // AFMA337WC1 /// 63.4435952858834 // D1S432 // D1S2722 // --- // --- D1S1857E // upstream // 13694 /// D1S2572 // downstream // 5815 572 // 40193548 // 40194119
SNP_A-1988634 rs676643 1 NCBI Build 35, May 2004 123, October 2004 23266646 + 0 p36.12 catcttgacgcatcct[A/G]agctacttaacttcgg A G NM_000864 // upstream // 628 // Hs.121482 // HTR1D // 3352 // Homo sapiens 5-hydroxytryptamine (serotonin) receptor 1D (HTR1D), mRNA. /// NM_005826 // downstream // 114937 // Hs.373763 // HNRPR // 10236 // Homo sapiens heterogeneous nuclear ribonucleoprotein R (HNRPR), mRNA. /// ENST00000314113 // upstream // 628 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000302271 // downstream // 114937 // --- // --- // --- // --- 42.7936947531298 // D1S458 // D1S2620 // --- // --- /// 51.6126479410843 // D1S1539 // D1S2620 // UT5123 // AFMA114YD5 /// 44.321583225155 // D1S2864 // D1S2838 // --- // --- D1S3597 // upstream // 165127 /// D1S2541 // downstream // 11800 1020 // 23266364 // 23267383
SNP_A-1987200 rs3767555 1 NCBI Build 35, May 2004 123, October 2004 22659466 + 0 p36.12 ctgggctcttgtggta[C/G]ggcaagaggcacttca C G NM_020526 // intron // 0 // Hs.283613 // EPHA8 // 2046 // Homo sapiens EphA8 (EPHA8), mRNA. /// ENST00000166244 // intron // 0 // --- // --- // --- // --- 41.2867259635072 // D1S2864 // D1S458 // --- // --- /// 49.6839724060323 // D1S1539 // D1S2620 // UT5123 // AFMA114YD5 /// 43.645803607474 // D1S2864 // D1S2838 // --- // --- D1S3273 // upstream // 51682 /// D1S512 // downstream // 2736 358 // 22659253 // 22659610
SNP_A-2003231 rs883805 1 NCBI Build 35, May 2004 123, October 2004 36547117 + 0 p34.3 aagctgagaggtcttg[A/C]ggatatctagaaaact A C NM_032881 // upstream // 14531 // Hs.3496 // LSM10 // 84967 // Homo sapiens LSM10, U7 small nuclear RNA associated (LSM10), mRNA. /// NM_145047 // downstream // 5484 // Hs.202207 // NOR1 // 127700 // Homo sapiens oxidored-nitro domain-containing protein (NOR1), transcript variant 1, mRNA. /// NM_206837 // downstream // 15882 // Hs.202207 // NOR1 // 127700 // Homo sapiens oxidored-nitro domain-containing protein (NOR1), transcript variant 2, mRNA. /// ENST00000315732 // upstream // 14531 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000235532 // downstream // 5483 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000356637 // downstream // 5484 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000315643 // downstream // 5716 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000354267 // downstream // 15882 // --- // --- // --- // --- 57.2189063228676 // D1S2656 // D1S472 // --- // --- /// 64.6537582831768 // D1S1190 // D1S2729 // UT7270 // AFMB037XF1 /// 57.2869351603789 // --- // D1S2729 // 45044 // --- D1S1416 // upstream // 101461 /// D1S1190 // downstream // 198782 466 // 36547046 // 36547511
SNP_A-2017468 rs17427125 1 NCBI Build 35, May 2004 123, October 2004 5640863 - 0 p36.31 gctttagcttgactac[G/T]ggagggctttggacta G T NM_018836 // downstream // 886640 // Hs.25924 // SHREW1 // 55966 // Homo sapiens transmembrane protein SHREW1 (SHREW1), mRNA. /// ENST00000359090 // downstream // 886640 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000354985 // downstream // 886640 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000253998 // downstream // 216274 // --- // --- // --- // --- 9.32219566392969 // D1S2132 // D1S2633 // --- // --- /// 11.4511186700894 // UNKNOWN // D1S2633 // GATA68D01 // AFMA131YA5 /// 11.6451958742138 // D1S2660 // --- // --- // 609730 D1S2145 // upstream // 49305 /// D1S1371 // downstream // 94838 743 // 5640186 // 5640928
SNP_A-2135352 rs10492961 1 NCBI Build 35, May 2004 123, October 2004 7572245 - 0 p36.23 ttcaactatagttttg[A/G]aaatgatgatctaggc A G ENST00000303646 // intron // 0 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000303635 // intron // 0 // --- // --- // --- // --- 13.5849156157815 // D1S508 // D1S1612 // --- // --- /// 15.545800255884 // D1S2694 // D1S1612 // AFMA295YH5 // GGAA3A07 /// 14.222829367571 // --- // D1S1612 // 617931 // --- D1S2586 // upstream // 60700 /// D1S508 // downstream // 30596 433 // 7571980 // 7572412

Total number of rows: 267305

Table truncated, full table size 222252 Kbytes.




Download family Format
SOFT formatted family file(s) SOFTHelp
MINiML formatted family file(s) MINiMLHelp

Supplementary data files not provided
| NLM | NIH | GEO Help | Disclaimer | Accessibility |
NCBI Home NCBI Search NCBI SiteMap